代理清关是否会被查，这并非一个绝对的问题，而是取决于多种因素，包括清关行为的合法性、代理的合规性以及海关的监管力度等。以下从几个方面进行详细分析：
清关行为的合法性：
- 如果代理清关的行为完全符合海关法规和相关法律法规的要求，即所有进出口货物都按照规定申报、缴纳了相应的税费，且没有涉及任何违法违规行为，那么这样的代理清关行为通常是不会被查的。
- 相反，如果清关过程中存在瞒报、谎报、偷逃税费等违法行为，那么无论是由货主自行清关还是委托代理清关，都有可能被海关查处。
代理的合规性：
- 代理清关的公司或个人如果具备合法的资质和经营许可，且按照海关的规定和要求进行操作，那么其代理的清关行为被查的风险相对较低。
- 如果代理公司或个人存在违规操作、无证经营或与不法分子勾结等行为，那么其代理的清关行为很可能成为海关查处的重点。
海关的监管力度：
- 海关作为进出口货物的监管机构，会根据国家的法律法规和政策要求，对进出口货物进行严格的监管和检查。
- 在某些时期或针对某些特定类型的货物，海关可能会加大监管力度，增加抽查比例，这时代理清关被查的风险也会相应增加。
法律建议：
- 对于货主而言，选择合法合规的代理清关公司或个人至关重要。在选择代理时，应仔细审查其资质和信誉，确保其具备合法的经营许可和良好的业务记录。
- 对于代理清关公司或个人而言，应严格遵守海关法规和相关法律法规的要求，确保所有清关行为都合法合规。同时，应加强与海关的沟通和协调，及时了解海关的监管政策和要求，以便更好地为客户提供服务。
可能的法律后果：
- 如果代理清关行为被海关查处为违法违规行为，那么代理公司或个人以及货主都可能面临相应的法律责任，包括罚款、没收货物、吊销经营许可等。
- 在严重的情况下，如果涉及走私、偷逃税费等犯罪行为，还可能面临刑事责任的追究。
总结与提醒：
代理清关是否会被查取决于多种因素的综合作用。为了降低被查的风险，货主和代理公司或个人都应严格遵守相关法律法规的要求，确保清关行为的合法合规。如果您在代理清关过程中遇到任何法律问题或疑虑，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供专业的法律建议。