结论前置：医院以疫情为由扣减职工奖金的行为是否合法，需结合具体情况判断。若医院无法证明扣减奖金的合理性、必要性及程序合法性，则可能构成违法；若医院能提供充分证据支持其扣减行为，则可能合法。以下从多个角度进行分析：

一、法律背景与原则

1. 劳动报酬权：根据《中华人民共和国劳动法》及《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，劳动者享有取得劳动报酬的权利，用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。奖金作为劳动报酬的一部分，同样受到法律保护。

2. 合法扣减的情形：用人单位在特定情况下可以扣减劳动者工资，如因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失，并从其工资中扣除赔偿费用。但扣除部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地月最低工资标准。

二、医院扣减奖金的合法性分析

1. 合理性审查：

   • 医院需证明扣减奖金与疫情之间的直接关联性，以及扣减的必要性。例如，医院可能因疫情导致收入锐减，需要采取措施维持运营，但这一理由需有充分的财务数据支持。
   • 医院还需证明扣减奖金不会对职工的基本生活造成严重影响，即扣减后的工资仍能满足职工的基本生活需求。

2. 程序合法性审查：

   • 医院在扣减奖金前，应与职工进行充分沟通，解释扣减的原因、依据及具体金额，并听取职工的意见。
   • 医院应确保扣减行为符合劳动合同或集体合同的约定，以及医院内部的规章制度。若劳动合同或规章制度中未明确规定扣减奖金的情形，医院则无权单方面扣减。

3. 证据要求：

   • 医院需提供充分的证据证明其扣减奖金的合法性，包括但不限于财务报表、收入减少的证明、与职工的沟通记录等。

三、职工应对策略

1. 与医院协商：

   • 职工可以首先与医院进行协商，了解扣减奖金的具体原因和依据，并表达自己的诉求和意见。

2. 申请劳动仲裁：

   • 若协商无果，职工可以向当地劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁，要求医院支付被扣减的奖金及可能的赔偿。

3. 提起诉讼：

   • 若对劳动仲裁结果不满，职工还可以向人民法院提起诉讼，通过司法途径维护自己的合法权益。

四、可能面临的法律后果

1. 若医院行为违法：

   • 医院需支付被扣减的奖金及可能的赔偿金给职工。
   • 医院还可能面临劳动行政部门的处罚，如罚款、责令改正等。

2. 若医院行为合法：

   • 职工则需接受扣减奖金的事实，但仍有权要求医院提供充分的证据和合理的解释。

建议：面对医院以疫情为由扣减奖金的情况，职工应首先了解自己的权益和医院的扣减依据，然后与医院进行协商。若协商无果，可以寻求法律援助或向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。在整个过程中，职工应保留好相关证据，如工资条、劳动合同、沟通记录等，以便在需要时维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。