结论：侄子出资帮叔叔建房，权属登记在叔叔名下，建好后无偿使用18年以抵建房款这一行为，其合法性并非绝对，而是取决于双方的具体约定以及这些约定是否违反了法律的强制性规定或公序良俗。下面我将从多个角度进行分析。

1. 合同法的角度：

• 如果侄子与叔叔之间有明确的书面或口头协议，约定侄子出资建房，叔叔允许侄子无偿使用一定年限（如18年）以抵建房款，且该协议是双方真实意思的表示，没有违反法律的强制性规定或公序良俗，那么这份协议是有效的。根据《中华人民共和国民法典》中关于合同的规定，依法成立的合同，对当事人具有法律约束力。因此，在这种情况下，侄子无偿使用房屋18年以抵建房款是合法的。

2. 物权法的角度：

• 房屋权属登记在叔叔名下，意味着叔叔是房屋的合法所有权人。侄子虽然出资建房，但如果没有通过合法途径（如赠与、买卖等）将房屋权属转移至自己名下，那么侄子并不享有房屋的所有权。然而，这并不影响侄子根据与叔叔之间的协议享有房屋的使用权。只要协议有效且未违反法律规定，侄子就有权按照协议约定使用房屋。

3. 潜在风险与建议：

• 风险：尽管双方之间的协议可能是有效的，但如果叔叔在未来反悔或出现其他纠纷（如叔叔去世后遗产继承问题），侄子可能会面临维权困难。因为房屋权属登记在叔叔名下，从法律外观上看，叔叔是房屋的所有权人。
• 建议：为了降低风险，侄子可以与叔叔签订一份详细的书面协议，明确约定出资建房的事实、房屋的使用权归属、使用年限、以及违约责任等条款。同时，可以考虑将协议进行公证或寻求法律专业人士的见证，以增强协议的法律效力。此外，如果条件允许，侄子还可以考虑通过合法途径将房屋权属部分或全部转移至自己名下，以从根本上保障自己的权益。

4. 特殊情况考虑：

• 如果侄子出资建房的行为被认定为是对叔叔的赠与，那么侄子就不能再主张无偿使用房屋以抵建房款。因为赠与一旦完成，赠与人就失去了对赠与财产的所有权和控制权。但这种情况通常需要明确的赠与意思表示和赠与行为的完成（如房屋权属的转移）等条件。

综上所述，侄子出资帮叔叔建房并约定无偿使用18年以抵建房款的合法性取决于双方的具体约定以及这些约定是否违反了法律的强制性规定或公序良俗。为了保障自己的权益，侄子应该与叔叔签订详细的书面协议，并考虑进行公证或寻求法律专业人士的见证。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。