结论：叔叔建房指标由本村侄子出资代建，权属登记在叔叔名下，这一行为是否合法合规，需结合具体情况从多个角度分析，包括建房指标的合法性、代建行为的合法性以及权属登记的合法性等。
分析：
建房指标的合法性：
- 农村建房指标通常是根据当地政府的规划和政策来分配的，用于确保农村土地的合理利用和住房建设的有序进行。
- 如果叔叔的建房指标是合法获得的，即符合当地政府的规划和政策要求，那么这一指标本身是合法的。
代建行为的合法性：
- 代建行为本身并不违法，但需要确保代建过程符合相关法律法规和政策要求。
- 侄子作为出资方和代建方，需要确保施工过程符合建筑安全、环保等标准，且没有违反当地政府的规划和政策。
- 如果代建过程中存在违法违规行为，如未经批准擅自建设、违反建筑安全标准等，那么这一行为将是不合法的。
权属登记的合法性：
- 权属登记是确认房屋所有权的重要法律程序。根据《不动产登记暂行条例》等相关法律法规，房屋所有权应当登记在合法权利人名下。
- 在本案例中，如果叔叔是建房指标的合法持有人，且代建行为合法合规，那么将房屋权属登记在叔叔名下是合法的。
- 但如果存在代建协议或其他约定，明确房屋实际所有权应归属于侄子或其他方，那么仅将权属登记在叔叔名下可能引发权属纠纷。
建议：
- 核实建房指标的合法性：确保叔叔的建房指标是合法获得的，符合当地政府的规划和政策要求。
- 规范代建行为：侄子作为出资方和代建方，应确保施工过程符合相关法律法规和政策要求，避免违法违规行为。
- 明确权属归属：如果存在代建协议或其他约定，应明确房屋的实际所有权归属，并在权属登记时予以体现，以避免后续权属纠纷。
- 咨询专业意见：由于农村土地和宅基地问题涉及复杂的法律法规和政策要求，建议在操作前咨询当地土地管理部门或专业律师的意见，以确保合法合规。
可能后果：
- 如果建房指标、代建行为或权属登记存在违法违规行为，可能面临政府部门的处罚，包括但不限于罚款、拆除违法建筑等。
- 如果权属登记不明确或存在纠纷，可能引发法律诉讼，增加解决成本和时间成本。
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