关于农村水田互换协议书用于建房且当时未规划为建设用地的有效性问题，结论如下：

1. 协议书可能因违反法律强制性规定而无效：

   • 根据《土地管理法》的相关规定，农村土地的使用需严格遵循土地利用总体规划，未经依法批准不得将农用地转为建设用地。水田作为农用地，若未经过合法的农用地转用审批手续，直接用于建房，显然违反了法律的强制性规定。
   • 在此情况下，即使双方签订了互换协议书，并明确约定了用于建房的目的，该协议也可能因违反法律强制性规定而被认定为无效。无效的合同自始没有法律约束力，双方因此取得的财产应当予以返还，不能返还或者没有必要返还的，应当折价补偿。

2. 协议书可能因存在欺诈、胁迫等情形而无效或可撤销：

   • 如果一方在签订协议时存在欺诈、胁迫等行为，导致对方在违背真实意思的情况下签订了协议，那么受欺诈或胁迫方有权请求人民法院或者仲裁机构撤销该协议。
   • 撤销后的协议自始没有法律约束力，双方应恢复原状或采取其他补救措施。

3. 协议书在特定条件下可能有效：

   • 如果双方在签订协议后，依法办理了农用地转用审批手续，将水田转为建设用地，并取得了相应的建设用地使用权证，那么该协议可能因后续合法手续的办理而得到有效确认。
   • 此外，如果双方仅是互换水田的使用权，并未实际进行建房行为，且该互换行为符合当地农村土地流转的相关规定，那么该协议在双方之间可能具有法律效力。

法律建议：

• 立即停止建房行为：如果双方尚未开始建房，应立即停止相关行为，避免进一步违反法律规定。
• 咨询当地土地管理部门：了解该水田是否可以依法转为建设用地，以及需要办理哪些审批手续。
• 协商解决或寻求法律救济：如果协议确实存在无效或可撤销的情形，双方应协商解决争议；协商不成的，可以寻求法律救济，通过诉讼或仲裁等方式解决纠纷。

可能法律后果：

• 如果协议被认定为无效或被撤销，双方可能需要返还因协议取得的财产，或者进行折价补偿。
• 如果因建房行为违反了土地管理法规，还可能面临行政处罚，如罚款、没收违法所得等。

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