结论：土地确权书上未确权，但与村委签订的协议是否有效，需根据协议内容、签订程序及是否违反法律法规的强制性规定来综合判断。
一、协议内容合法性是关键
协议内容需符合法律法规：
- 协议中涉及的农村土地或宅基地的使用、流转等条款，必须符合《农村土地承包法》、《土地管理法》等相关法律法规的规定。
- 若协议内容违反法律法规的强制性规定，如未经批准擅自转让宅基地使用权、改变土地用途等，则该协议可能被视为无效。
协议内容需明确具体：
- 协议应明确双方的权利义务，包括土地的位置、面积、使用期限、流转方式等。
- 若协议内容模糊不清，可能导致双方在履行过程中产生争议，甚至影响协议的效力。
二、签订程序合规性影响协议效力
遵循法定程序：
- 村委在签订协议时，应遵循法定程序，如召开村民会议进行表决、报请乡（镇）人民政府批准等。
- 若村委未经法定程序擅自签订协议，可能因程序违法而导致协议无效。
确保村民知情权与参与权：
- 涉及村民利益的协议，应确保村民的知情权与参与权，避免村委单方面决策。
- 若协议签订过程中存在欺诈、胁迫等违法行为，或村民对协议内容不知情、未参与表决，则该协议可能被视为无效。
三、特殊情形下的协议效力
未确权土地上的协议效力：
- 土地确权书上未确权，并不意味着土地无法流转或签订协议。但需注意，未确权的土地可能存在权属争议或法律风险。
- 在签订协议前，应查明土地权属情况，确保协议签订后不会因权属争议而导致协议无效。
村委违法承包土地的协议效力：
- 若村委违法对外承包土地，如未经村民会议同意擅自将土地承包给本集体经济组织以外的单位或个人，则该协议可能被视为无效。
- 根据《民法典》的相关规定，民事法律行为要有效，就必须不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗。
四、建议与风险提示
签订协议前应仔细审查：
- 在签订协议前，应仔细审查协议内容、签订程序及村委的资质和权利。
- 如有必要，可咨询专业律师或相关部门，确保协议的合法性和有效性。
注意保留证据：
- 在签订协议过程中，应注意保留相关证据，如会议记录、表决结果、批准文件等。
- 这些证据在后续可能发生的争议中，将起到重要的证明作用。
风险提示：
- 若协议存在违法内容或程序瑕疵，可能导致协议无效或被撤销。
- 在签订协议前，应充分了解相关法律法规和政策规定，避免因不了解法律而导致的法律风险。
总结：土地确权书上未确权，但与村委签订的协议是否有效，需根据协议内容、签订程序及是否违反法律法规的强制性规定来综合判断。在签订协议前，应仔细审查协议内容、签订程序及村委的资质和权利，并注意保留相关证据。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。