结论：行政机构以村民有两处宅基地仅征收一处为由不予人口安置，这一做法是否合法不能一概而论，需要结合具体情况和相关法律法规来综合判断。
分析如下：
宅基地使用权与征收补偿的关系：
- 宅基地使用权是农村村民的一项重要权利，它通常与房屋所有权紧密相连。在征收过程中，宅基地和房屋往往被视为一个整体进行补偿。
- 如果村民拥有两处宅基地，但行政机构仅征收其中一处，那么对于被征收的宅基地及其上的房屋，村民应当有权获得相应的补偿。这包括土地补偿费、房屋补偿费以及可能的安置补助费等。
不予人口安置的合法性判断：
- 合法情形：如果当地法律法规或政策明确规定，在征收过程中，对于拥有多处宅基地的村民，仅对被征收的宅基地进行补偿，而不额外提供人口安置，且这一规定不违反上位法（如《土地管理法》、《农村土地承包法》等）的原则和精神，那么行政机构的做法可能是合法的。
- 不合法情形：如果当地法律法规或政策没有明确规定，或者规定与上位法相冲突，或者行政机构在执行过程中存在滥用职权、显失公平等情形，那么以村民有两处宅基地仅征收一处为由不予人口安置的做法就可能是不合法的。村民有权依法维护自己的合法权益，包括申请行政复议或提起行政诉讼等。
具体案例中的考量因素：
- 在实际案例中，还需要考虑宅基地的取得是否合法、房屋是否符合规划、征收程序是否合法等多个因素。这些因素都可能影响行政机构不予人口安置决定的合法性。
- 例如，如果村民的一处宅基地是通过合法途径取得的，且房屋符合规划要求，而行政机构在征收过程中未按照法定程序进行，那么村民就有权要求行政机构给予合理的人口安置。
建议：
- 如果您面临这样的情况，建议首先查阅当地的法律法规和政策文件，了解关于宅基地征收和人口安置的具体规定。
- 如果认为行政机构的做法不合法或存在争议，可以及时咨询专业律师（即我，郑学滨律师，专注于房屋拆迁、土地纠纷等领域），获取更具体的法律建议和帮助。
- 在维权过程中，要注意保留好相关证据材料，如宅基地使用证、房屋所有权证、征收通知等，以便在需要时提供证明。
总之，行政机构以村民有两处宅基地仅征收一处为由不予人口安置的合法性需要结合具体情况和相关法律法规来综合判断。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。