结论：针对您提出的“买卖房屋因违法建筑赔偿低，能否提起诉讼要求另一方赔偿”的问题，这主要取决于房屋买卖合同中的具体约定以及违法建筑与交易房屋的关系。以下是从不同角度的详细分析：

一、合同约定角度

1. 合同中有明确约定：

   • 如果房屋买卖合同中明确约定了房屋应包含合法建筑部分，且卖方保证房屋无违法建筑，那么因违法建筑导致赔偿低时，买方有权依据合同条款要求卖方承担违约责任，包括赔偿损失。
   • 法律依据：根据《民法典》第五百七十七条，当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定的，应当承担继续履行、采取补救措施或者赔偿损失等违约责任。

2. 合同中无明确约定：

   • 如果合同中没有明确约定房屋必须为合法建筑，或者没有约定因违法建筑导致赔偿低时的责任承担方式，那么买方要求卖方赔偿的法律依据可能不足。
   • 建议：在此情况下，买方可以尝试与卖方协商，看是否能够达成补充协议，明确责任承担方式。如果协商不成，买方可能需要考虑其他法律途径，如提起诉讼要求确认合同无效或撤销合同（如果存在欺诈、胁迫等情形），但这将涉及更复杂的法律程序和证据要求。

二、违法建筑与交易房屋关系角度

1. 违法建筑为交易房屋的一部分：

   • 如果违法建筑是交易房屋的重要组成部分，且因违法建筑导致整个房屋的价值降低或赔偿减少，那么买方有权要求卖方承担相应责任。
   • 实践操作：在此情况下，买方可以收集相关证据，如房屋评估报告、拆迁补偿协议等，证明违法建筑对房屋价值的影响，并据此要求卖方赔偿。

2. 违法建筑与交易房屋无关：

   • 如果违法建筑并非交易房屋的一部分，或者对交易房屋的价值无实质性影响，那么买方要求卖方因违法建筑而赔偿的法律依据可能不充分。
   • 建议：在此情况下，买方应重点关注交易房屋本身的合法性和价值，确保自己的权益不受损害。

三、法律程序与证据要求

• 提起诉讼：如果买方决定提起诉讼要求卖方赔偿，需要准备充分的证据来支持自己的主张。这包括房屋买卖合同、违法建筑的证据（如照片、规划部门文件等）、房屋价值评估报告、拆迁补偿协议等。
• 法律程序：提起诉讼需要遵循一定的法律程序，包括向法院提交起诉状、参加庭审、提供证据等。买方应了解并遵守这些程序要求，以确保自己的权益得到有效维护。

总结与建议：针对您的情况，我建议您首先仔细审查房屋买卖合同中的相关条款，看是否有关于违法建筑和赔偿的明确约定。如果有约定且卖方未履行，您可以依据合同条款要求卖方赔偿。如果合同中没有约定或约定不明确，您可以考虑与卖方协商补充协议或寻求其他法律途径。在任何情况下，都请确保您有充分的证据来支持自己的主张，并遵循法律程序要求。如果您需要进一步的法律帮助或咨询，请随时向我提问。