核心结论：在小股东起诉确认公司财产转让无效后，若公司不申请执行，小股东可依据不同情况采取以下措施维护自身权益：

1. 若小股东认为公司不申请执行损害其利益，可依法提起股东代表诉讼
   根据《公司法》第151条，当公司董事、高管或他人损害公司利益，且公司怠于行使诉权时，符合条件的股东（通常需满足持股比例和期限要求）可以自己的名义直接向法院提起诉讼，要求侵权人向公司赔偿损失。

   • 适用条件：需证明公司财产转让无效的判决已生效，且公司因内部决策障碍（如董事会/股东会拒绝申请执行）无法实际追偿。
     
   • 操作要点：小股东需先书面请求公司监事会/不设监事会的监事提起诉讼；若公司拒绝或30日内未答复，小股东方可自行起诉。
     

2. 若小股东直接利益受损（如转让财产涉及自身权益），可另行提起损害赔偿之诉
   若财产转让行为同时直接侵害了小股东的个体权益（如转让的财产包含小股东的股权质押物、特定资产等），小股东可依据《民法典》第154条（恶意串通损害他人权益）或第157条（民事法律行为无效后果）等规定，以自身名义起诉转让方和受让方，要求返还财产或赔偿损失。

   • 关键证据：需证明转让行为与自身权益的直接关联性（如合同、股权证明、资产权属文件等）。
     

3. 推动公司内部治理程序，强制申请执行

   • 召开股东会/董事会：小股东可依据《公司法》和公司章程，提议召开股东会或董事会，形成要求公司申请执行的决议。若大股东或管理层阻挠，可依据《公司法》第22条主张决议程序违法并申请撤销。
     
   • 行使知情权：通过查阅公司会计账簿、会议记录等，核实公司不申请执行的真实原因（如是否存在利益输送、关联交易等），为后续诉讼提供证据。
     

4. 申请法院强制执行（特殊情形）
   若判决明确要求公司行使权利（如“公司应追回被转让财产”），而公司拒不履行，小股东可依据《民事诉讼法》第243条，向法院申请强制执行，由法院直接裁定公司履行义务。但此路径需以判决内容具有明确可执行性为前提。

风险提示：

• 股东代表诉讼的胜诉利益归属于公司，小股东仅能通过公司分配间接获益，需评估诉讼成本与收益的平衡。
  
• 若公司已进入破产程序或存在资不抵债情形，需优先通过破产债权申报程序主张权利，避免执行程序冲突。
  

建议行动步骤：

1. 收集并固定公司不申请执行的证据（如会议记录、书面拒绝函等）；
   
2. 评估转让行为对自身权益的直接损害程度，选择股东代表诉讼或直接损害赔偿之诉；
   
3. 同步推动公司内部治理程序，形成书面决议或揭露内部违规行为；
   
4. 委托律师分析判决可执行性，必要时向法院申请强制执行或提起新诉。
   

如有进一步细节（如公司章程特殊约定、转让财产性质等），可提供具体信息以便针对性分析。