福利企业法人明知入股股东是税务局工作人员，这一行为本身并不直接构成违法，但可能涉及违反相关法律法规的禁止性规定，存在合规风险。具体分析如下：

1. 公务员法及公务员处分条例的禁止性规定
   根据《中华人民共和国公务员法》第五十九条及《行政机关公务员处分条例》第二十七条，公务员不得从事或者参与营利性活动，在企业或者其他营利性组织中兼任职务。若税务局工作人员作为公务员入股企业，已违反上述规定，可能面临行政处分（如警告、记过直至开除公职）。企业法人若明知股东身份仍接受其入股，虽不直接承担行政责任，但可能因配合违规行为面临税务机关的合规审查风险。

2. 税收征管法及反不正当竞争法的潜在关联
   若税务局工作人员利用职务便利为企业谋取税收优惠、逃避监管等利益，可能构成《税收征收管理法》第八十二条规定的“徇私舞弊不征、少征税款”或《反不正当竞争法》第七条禁止的“利用职权影响交易”行为。企业法人若明知股东利用职权谋利仍接受入股，可能被认定为共同违法或受益方，面临补缴税款、罚款甚至刑事责任风险（如行贿罪共犯）。

3. 公司法及刑法中的责任边界
   根据《公司法》第二十条，股东滥用权利损害公司或其他股东利益的，应承担赔偿责任。若税务局工作人员入股后干预企业正常经营（如强制要求违规操作），企业法人可依据公司法追究其民事责任。此外，若股东行为涉嫌受贿、滥用职权等犯罪，企业法人若存在教唆、帮助行为，可能构成共犯；若仅知情未参与，则一般不承担刑事责任，但需配合调查。

建议行动：

• 企业法人应立即核查股东身份及入股资金来源，要求税务局工作人员限期退出股份或转至非公务员亲属名下；
  
• 若已发生违规行为，主动向税务机关或纪检监察部门报告，争取从轻处理；
  
• 完善公司章程，明确禁止公务员入股条款，并加强股东背景审查机制。
  

如有进一步细节（如股东是否利用职权谋利、企业是否获得不当利益等），可继续向我咨询，我将结合具体情形提供针对性方案。