即使商铺存在合同纠纷，法院仍可能强制执行，但需分情况讨论：

1. 合同纠纷与执行标的无直接关联时
   若合同纠纷仅涉及商铺的租赁、买卖等合同效力争议（如租金支付、违约责任等），而法院强制执行的是其他独立财产（如被执行人名下的银行存款、车辆等），则合同纠纷的存在不会阻碍执行程序。例如，商铺业主因其他债务被起诉，法院可执行其名下车辆，即使商铺租赁合同存在争议。

2. 合同纠纷直接影响执行标的权属时
   若执行标的为商铺本身，且合同纠纷涉及商铺权属争议（如买卖合同无效、租赁权对抗执行等），法院会暂缓执行，并通过“执行异议之诉”或“案外人异议”程序审查权属。例如：

   • 承租人以“买卖不破租赁”为由主张继续占有商铺，需向法院提出书面异议，并提供租赁合同、租金支付凭证等证据；
     
   • 买受人以“已支付全款但未过户”为由主张所有权，需通过执行异议之诉确认权属，法院将综合合同效力、付款记录、占有事实等作出裁决。

3. 被执行人以合同纠纷为由抗拒执行时
   若被执行人仅以“合同存在纠纷”为由拒绝履行生效判决（如支付货款、赔偿金等），法院不会因此中止执行。被执行人需通过另行起诉或申请再审解决合同争议，执行程序不受影响。例如，商铺卖家因质量问题被判赔偿，即使卖家主张“买家未付清尾款”，法院仍可强制执行赔偿款，卖家需另案起诉主张权利。

关键提醒：

• 若您是案外人（如承租人、买受人），需在执行程序启动后15日内向法院提出书面异议，逾期可能丧失救济权利；
  
• 若您是被执行人，合同纠纷不能直接对抗执行，但可通过提供担保或与申请执行人协商暂停执行；
  
• 执行阶段涉及复杂程序权衡，建议提供合同、付款记录、沟通记录等证据，以便精准分析风险。
  

如有具体合同文本或执行文书，可进一步说明情况，我会帮您梳理应对策略。