在二手摩托车买卖合同的补充条款中，确实需要明确写清楚行驶证和登记证已经交给乙方（买方）这一事实。以下是从不同角度对此问题的详细分析：
合同完整性和明确性的角度：
- 合同是双方意思表示一致的产物，应当尽可能详细、准确地反映交易的全过程和双方的权利义务。在二手摩托车买卖中，行驶证和登记证是车辆合法上路和所有权转移的重要凭证。因此，在补充条款中明确写明这些证件已经交给乙方，有助于确保合同的完整性和明确性，避免后续因证件问题产生纠纷。
法律效力和证据的角度：
- 一旦合同签订并生效，双方均应按照合同约定履行义务。如果合同中明确写明了行驶证和登记证已经交给乙方，那么在后续的法律纠纷中，这份合同将成为重要的证据，证明卖方已经履行了交付证件的义务。反之，如果合同中没有明确写明这一点，一旦发生纠纷，卖方可能需要承担举证责任，证明自己已经交付了证件，这可能会增加卖方的诉讼风险和成本。
交易安全和信任的角度：
- 在二手摩托车交易中，买方通常希望确保所购买的车辆是合法、无纠纷的。行驶证和登记证的交付是买方确认车辆合法性的重要环节。在补充条款中明确写明证件已经交付，有助于增强买方的信任感，促进交易的顺利进行。同时，这也体现了卖方的诚信和责任感，有助于维护良好的市场秩序。
建议：
- 在签订二手摩托车买卖合同时，除了主合同条款外，还应当根据实际情况制定补充条款。在补充条款中，应当明确写明行驶证和登记证已经交给乙方，并注明交付的时间、地点和方式等细节。
- 如果可能的话，双方还可以在交付证件时签订一份交接确认书，作为合同附件保存。这样，在后续的法律纠纷中，这份交接确认书将作为有力的证据，证明证件已经交付给买方。
可能产生的法律后果：
- 如果合同中没有明确写明行驶证和登记证已经交给乙方，而实际上卖方已经交付了这些证件，但买方在后续使用中遗失或损坏证件，并要求卖方承担责任时，卖方可能需要承担不必要的法律风险和成本。
- 反之，如果合同中明确写明了证件已经交付，而买方在后续使用中遗失或损坏证件，那么买方将自行承担责任，卖方无需承担任何法律责任。
综上所述，为了确保合同的完整性、明确性、法律效力和交易安全，建议在二手摩托车买卖合同的补充条款中明确写明行驶证和登记证已经交给乙方。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。