结论：公司清算超过三年仍可继续办理注销，但需根据清算程序是否合法完成、是否存在未了结债务等情形分情况处理，可能面临罚款或法律风险。

1. 清算程序合法完成且无未了结债务：可正常注销

若公司清算组已依法完成清算程序（包括通知债权人、公告、清理债权债务、分配剩余财产等），且清算报告已获股东会/股东大会确认，即使超过三年，仍可向市场监管部门申请注销登记。
关键点：

• 需提交完整的清算报告、股东会决议、清税证明等材料；
  
• 若清算期间存在未通知债权人或未公告等程序瑕疵，可能被要求补正或面临行政处罚（如罚款）。

2. 清算程序未完成或存在未了结债务：需先补救

若清算组未依法履行清算义务（如未清算即注销、隐匿财产、虚假清算等），或公司存在未清偿债务，即使超过三年，市场监管部门可能拒绝注销申请，并要求：

• 重新清算：债权人可申请法院指定清算组强制清算；
  
• 承担法律责任：股东、董事等可能因未依法清算被追究赔偿责任（如《公司法》第183条、第204条）；
  
• 行政处罚：若存在虚假清算等行为，可能被处以罚款（如《公司登记管理条例》第64条，情节严重的可处5万元以上50万元以下罚款）。

3. 特殊情形：吊销营业执照后的注销

若公司因未年检等被吊销营业执照，清算义务人（通常为股东）应在吊销之日起15日内成立清算组。若超过三年未清算，债权人可申请法院强制清算，清算完成后方可注销。
风险：股东可能因怠于履行清算义务被追究连带清偿责任（《公司法司法解释二》第18条）。

4. 建议行动步骤

1. 核查清算程序合法性：检查清算报告、债权人通知记录、公告凭证等是否完备；
   
2. 处理未了结债务：若存在债务，优先与债权人协商清偿或达成和解；
   
3. 咨询市场监管部门：确认当地对超期清算注销的具体要求（如是否需补充公告等）；
   
4. 必要时申请法院强制清算：若清算程序无法推进，可依法向法院申请介入。

总结：清算超过三年不必然导致无法注销，但需确保清算程序合法、债务清偿完毕。若存在程序瑕疵或债务问题，建议尽快补救以避免法律风险。如有具体案件细节，可进一步向我咨询。