结论：虚开苗木发票即使未盈利且拒绝配合过账，仍可能需承担法律责任，但具体责任形式和程度需结合行为性质、情节严重性及追诉时效综合判断。以下从法律责任类型、追诉时效、情节认定三个维度展开分析：

一、虚开发票行为的法律责任类型

根据《刑法》第二百零五条之一及《发票管理办法》相关规定，虚开发票行为可能涉及两类责任：

1. 行政责任
   根据《发票管理办法》第三十七条，虚开发票的，由税务机关没收违法所得；虚开金额在1万元以下的，可并处5万元以下罚款；虚开金额超过1万元的，并处5万元以上50万元以下罚款。行政责任不要求以盈利为目的，只要存在虚开行为即可能被处罚。

2. 刑事责任
   若虚开发票情节严重（如虚开税款数额10万元以上或造成国家税款损失5万元以上），可能构成《刑法》第二百零五条之一规定的虚开发票罪，处二年以下有期徒刑、拘役或者管制，并处罚金。刑事责任认定需以“情节严重”为前提，未盈利可能作为量刑情节减轻处罚，但不完全免责。

二、追诉时效的适用规则

1. 行政处罚时效
   根据《行政处罚法》第三十六条，违法行为在二年内未被发现的，不再给予行政处罚；涉及公民生命健康安全、金融安全且有危害后果的，追诉时效延长至五年。虚开发票属于一般违法行为，追诉时效原则上为二年，但若税务机关已立案或存在连续状态（如多次虚开），时效可能重新计算。

2. 刑事追诉时效
   根据《刑法》第八十七条，法定最高刑为不满五年有期徒刑的，追诉时效为五年。虚开发票罪最高刑为二年有期徒刑，因此刑事追诉时效为五年。若行为发生在五年内且未超过时效，仍可能被追究刑事责任。

三、情节认定的关键因素

1. “未盈利”的定性
   未盈利可能表明主观恶性较小或社会危害性较低，但不影响行为本身的违法性。税务机关或司法机关可能将其作为从轻或减轻处罚的情节，而非免责事由。

2. “拒绝配合过账”的影响
   拒绝配合可能被认定为“态度恶劣”或“阻碍调查”，在行政处罚中可能加重罚款幅度；在刑事案件中可能影响量刑（如不适用缓刑）。但若拒绝配合未导致严重后果（如税款无法追缴），责任可能相对较轻。

3. 其他情节

   • 虚开发票的金额、次数；
   • 是否造成国家税款损失；
   • 是否存在伪造、变造发票等加重情节；
   • 行为人是否具有自首、立功等法定从宽情节。

四、实务建议

1. 主动自查与整改
   若行为尚未被税务机关或司法机关发现，建议立即停止虚开行为，主动补缴税款（如有应纳税款），并向税务机关说明情况，争取从轻处理。

2. 咨询专业律师
   若已收到税务机关通知或面临刑事调查，需尽快委托律师介入，分析行为性质、证据链条及追诉时效问题，制定辩护策略（如主张情节轻微不构成犯罪或已过追诉时效）。

3. 保留证据
   保存与虚开发票相关的合同、资金流水、沟通记录等证据，以证明未盈利、无主观故意或存在其他从轻情节。

总结：虚开发票行为即使未盈利且拒绝配合过账，仍可能因违反行政法规或刑法被追究责任，但具体责任需结合行为性质、情节及追诉时效综合判断。建议根据实际情况采取相应措施，降低法律风险。如有进一步疑问，可直接向我咨询。