中标合同与招标书中约定的付款比例不一致时，按照中标后合同执行付款是否有问题，这主要取决于合同的具体内容、签订过程以及相关法律法规的适用情况，不能一概而论，但通常来说，若中标合同合法有效且双方自愿签订，按照中标合同执行付款一般没有问题，不过也可能存在例外情形。以下从不同角度进行分析：
一、中标合同合法有效且双方自愿签订的情况
法律原则：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，依法成立的合同，对当事人具有法律约束力。当事人应当按照约定履行自己的义务，不得擅自变更或者解除合同。因此，如果中标合同是双方自愿签订，且内容合法有效，那么按照中标合同的约定执行付款是符合法律规定的。
实际操作：在招投标过程中，招标书通常作为要约邀请，而投标书则作为要约。中标通知书发出后，双方即进入合同签订阶段。如果中标合同中的付款比例与招标书不一致，但双方在签订合同时均对此表示认可，并明确约定以中标合同为准，那么按照中标合同执行付款是合理的。
二、可能存在问题的情形
中标合同存在无效情形：如果中标合同存在《民法典》中规定的合同无效情形，如一方以欺诈、胁迫的手段订立合同，损害国家利益；恶意串通，损害国家、集体或者第三人利益；以合法形式掩盖非法目的等，那么该合同自始无效，按照无效合同执行付款显然存在问题。
招标书与中标合同存在重大差异且未说明原因：如果招标书与中标合同在付款比例等关键条款上存在重大差异，且双方在签订合同时未对此进行充分说明或协商，那么可能引发纠纷。在这种情况下，如果招标方或投标方认为中标合同损害了其合法权益，可能会寻求法律救济。
违反招投标法律法规的强制性规定：根据《中华人民共和国招标投标法》等相关法律法规的规定，招投标活动应当遵循公开、公平、公正和诚实信用的原则。如果中标合同的签订过程违反了这些原则或相关法律法规的强制性规定，如存在串通投标、弄虚作假等行为，那么按照中标合同执行付款也可能存在问题。
三、法律建议
仔细审查合同条款：在签订中标合同前，双方应仔细审查合同条款，确保合同内容合法有效且符合双方的真实意愿。特别是对于付款比例等关键条款，应进行充分协商并明确约定。
保留相关证据：在招投标过程中，双方应保留好相关证据，如招标书、投标书、中标通知书、合同文本等。这些证据在后续可能发生的纠纷中具有重要的证明作用。
及时寻求法律帮助：如果双方在合同签订或执行过程中遇到法律问题或纠纷，应及时寻求专业律师的法律帮助。律师可以根据具体情况提供法律意见和解决方案，帮助双方维护合法权益。
总的来说，中标合同与招标书中约定的付款比例不一致时，按照中标后合同执行付款是否有问题取决于多种因素。如有具体法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。