在非法机组案件中，从犯罪分子那里追回的款项的处理方式，主要取决于款项的性质以及相关法律法规的规定，一般来说，款项可能会上缴国库，也可能会返还给相关群众，具体分析如下：
上缴国库的情况：
- 法律依据：根据《中华人民共和国刑法》第六十四条的规定，犯罪分子违法所得的一切财物，应当予以追缴或者责令退赔；对被害人的合法财产，应当及时返还；违禁品和供犯罪所用的本人财物，应当予以没收。没收的财物和罚金，一律上缴国库，不得挪用和自行处理。
- 适用情形：如果追回的款项被认定为犯罪分子的违法所得，且没有明确的被害人或者被害人无法确定，或者款项属于违禁品、供犯罪所用的本人财物等，那么这些款项通常会依法上缴国库。
返还给相关群众的情况：
- 法律依据：同样依据《中华人民共和国刑法》第六十四条，如果追回的款项能够明确识别为被害人的合法财产，那么应当及时返还给被害人。
- 适用情形：在非法机组案件中，如果犯罪分子通过非法手段获取了群众的财物，如诈骗、盗窃等，且这些财物能够被追回并明确识别出原所有者，那么这些款项应当返还给相关群众。
在实际操作中，还需要考虑以下因素：
- 款项的识别与确认：需要仔细审查款项的来源、性质以及与犯罪活动的关联性，以确定款项是否属于违法所得或被害人的合法财产。
- 法律程序与证据：追回款项的处理需要遵循严格的法律程序，包括证据的收集、审查、认定等环节，以确保处理的合法性和公正性。
- 被害人的权益保护：在处理追回款项时，应充分考虑被害人的权益保护，确保被害人的合法财产得到及时返还，减少其损失。
建议：
- 如果您或相关群众在非法机组案件中遭受了财产损失，并希望追回款项，建议及时向公安机关报案，并配合调查工作，提供相关证据和信息。
- 在处理追回款项的过程中，如有任何疑问或需要法律帮助，请随时向我咨询，我将根据您的具体情况提供专业的法律意见和帮助。