合同诈骗或非法集资案件立案破案后追回的资金并不全部上收国库。具体处理方式如下：
追缴与退赔：根据《刑法》第六十四条的规定，犯罪分子违法所得的一切财物，应当予以追缴或者责令退赔。这意味着，追回的资金中，属于犯罪分子违法所得的部分，应当被追缴或责令退赔。
返还被害人：对被害人的合法财产，应当及时返还。因此，追回的资金中，如果能够明确识别出是被害人的合法财产，应当返还给被害人，而不是上缴国库。
没收与上缴：违禁品和供犯罪所用的本人财物，应当予以没收。没收的财物和罚金，一律上缴国库，不得挪用和自行处理。这意味着，追回的资金中，如果包含违禁品或供犯罪所用的本人财物，这部分资金会被没收并上缴国库。
综上所述，合同诈骗或非法集资案件立案破案后追回的资金，并非全部上收国库，而是根据资金的性质进行不同的处理。属于犯罪分子违法所得的部分，应当被追缴或责令退赔；属于被害人的合法财产，应当及时返还；属于违禁品或供犯罪所用的本人财物，应当被没收并上缴国库。如果您对此类问题有进一步的疑问或需要更详细的法律咨询，请直接向我提问。