工伤停工停薪期间，全勤奖的发放需根据具体情况综合判断，原则上在停工留薪期内不应扣除，但具体还需依据公司规章制度及实际情况来确定。以下是对此问题的详细分析：
一、法律依据与原则
根据《工伤保险条例》第三十三条的规定，职工因工作遭受事故伤害或患职业病需要暂停工作接受医疗的，在停工留薪期内，原工资福利待遇不变，由所在单位按月支付。这里的“原工资福利待遇”通常包括员工正常出勤时的所有待遇，全勤奖作为工资福利的一部分，在员工因工伤停工留薪期间，原则上不应被扣除。因为工伤停工是法律赋予员工的权利，非其主观原因导致的缺勤。
二、公司规章制度的影响
尽管法律规定了工伤期间的待遇原则，但实际操作中还需考虑公司的具体规章制度。若公司规章制度明确规定全勤奖严格依据实际出勤天数发放，且该制度经过民主程序制定、内容合法并已向员工公示，那么公司在工伤期间可能会依据此规定扣除全勤奖。然而，这种扣除可能引发争议，因为工伤停工是法律赋予的权利，严格扣除可能与《工伤保险条例》的立法精神相悖。
举例说明：假设某公司规章制度规定，全勤奖仅发放给当月全勤的员工。若员工因工伤停工留薪一个月，未实际出勤，按照该制度，公司可能会扣除其全勤奖。但若从法律精神出发，考虑到工伤停工的特殊性，公司也可能选择不扣除全勤奖，以体现对员工的关怀和尊重。
三、实际操作与建议
查阅公司规定：员工应首先查阅所在公司的相关规章制度或劳动合同，了解全勤奖的具体发放条件及工伤期间的待遇规定。
与公司协商：如对公司规定有疑问或认为不合理，建议与员工部门或人力资源部门进行协商，寻求双方都能接受的解决方案。在协商过程中，可以强调工伤停工的特殊性，以及法律对工伤职工权益的保护。
法律途径：若协商无果，员工可以依法通过劳动仲裁或诉讼等法律途径维护自己的合法权益。在此过程中，可以引用《工伤保险条例》的相关规定，以及公司规章制度中可能存在的与法律相悖的条款，来支持自己的主张。
四、特殊情况处理
值得注意的是，有些公司出于人道主义关怀和员工福利的考虑，可能会在工伤期间继续发放全勤奖或其他形式的补贴。这种情况下，员工应珍惜并感激公司的关怀，同时遵守公司的相关规定。若公司选择不扣除全勤奖，这既体现了公司的法治精神，也彰显了对员工权益的尊重。
总结建议：工伤期间全勤奖的扣除与否并非一概而论，而是需综合考虑法律法规、公司规章制度及实际情况。在处理此类问题时，建议员工和公司都保持理性、公正的态度，共同寻求合理合法的解决方案。若员工对公司的处理决定有异议，可以直接向我咨询，我会根据具体情况提供专业的法律建议。