结论：工程合同签订三年未施工，合同是否有效需视具体情况而定，可能有效也可能无效。以下从不同角度进行分析：
一、合同有效的情况
合同本身合法有效：
- 如果工程合同在签订时符合《中华人民共和国民法典》中关于合同生效的要件，即双方具有相应的民事行为能力、意思表示真实、不违反法律或行政法规的强制性规定，也不违背公序良俗，那么合同自成立时即生效。
- 即使合同签订后三年未施工，只要合同内容合法且双方未提出解除或撤销合同，合同仍然有效。
存在合理延期事由：
- 如果因不可抗力（如自然灾害、政府行为等）或双方协商一致等合理事由导致工程延期施工，且合同中对此有明确约定或双方能够达成补充协议，那么合同在延期期间仍然有效。
二、合同可能无效或失效的情况
超过诉讼时效（针对合同履行请求权）：
- 虽然诉讼时效的经过并不直接导致合同无效，但如果一方在超过诉讼时效后提起诉讼要求对方履行合同义务，对方可以提出诉讼时效抗辩，导致原告方丧失胜诉权。不过，这并不影响合同本身的效力，只是影响合同履行请求权的行使。
- 注意：此处需区分诉讼时效与合同效力，诉讼时效的经过不直接等同于合同无效。
合同存在无效情形：
- 如果工程合同在签订时存在《中华人民共和国民法典》规定的无效情形，如一方以欺诈、胁迫的手段订立合同，损害国家利益；恶意串通，损害国家、集体或者第三人利益；以合法形式掩盖非法目的；损害社会公共利益；违反法律、行政法规的强制性规定等，那么合同自始无效。
合同被解除或撤销：
- 如果双方协商一致解除合同，或者一方根据法律规定或合同约定行使解除权，或者合同存在可撤销情形且一方在法定期限内行使撤销权，那么合同将被解除或撤销，自解除或撤销之日起失效。
三、法律建议
审查合同内容：
- 建议双方首先审查工程合同的内容，确认合同是否合法有效，以及是否存在关于延期施工、合同解除或撤销等条款的约定。
协商沟通：
- 如果合同仍然有效且双方希望继续履行，建议双方就延期施工的原因、期限、责任等事项进行协商沟通，并签订补充协议以明确双方的权利义务。
寻求法律帮助：
- 如果双方对合同的效力或履行存在争议，建议及时咨询专业律师，以便根据具体情况采取相应的法律措施，如提起诉讼或申请仲裁等。
示例：假设甲乙双方签订了一份工程合同，约定由乙方负责施工，但合同签订后三年因甲方原因一直未开工。此时，如果合同内容合法且双方未提出解除或撤销合同，那么合同仍然有效。但如果乙方因此遭受了损失，可以根据合同约定或法律规定要求甲方承担违约责任或赔偿损失。
总之，工程合同签订三年未施工，合同是否有效需根据具体情况进行判断。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。