网约车司机一天没跑够350元，公司是否会罚款，不能一概而论，需分情况讨论：

1. 若公司规章制度或与司机的协议中有明确规定：

   • 如果网约车公司在其规章制度、司机手册或与司机签订的协议中，明确规定了每日最低收入要求（如350元），并设定了未达到该要求时的罚款措施，那么从合同约定的角度来看，公司是有权依据这些规定对司机进行罚款的。但前提是，这些规章制度或协议必须合法有效，且司机在签订时已知悉并同意。

2. 若公司规章制度或协议中无明确规定：

   • 如果公司没有在其规章制度、司机手册或协议中明确规定每日最低收入要求及相应的罚款措施，那么公司单方面对司机进行罚款就缺乏合同依据。在这种情况下，司机有权拒绝接受罚款，并可以向相关部门投诉或寻求法律援助。

3. 罚款的合法性考量：

   • 即使公司规章制度或协议中有罚款规定，也需要考虑这些规定是否违反了相关法律法规。例如，罚款的数额是否合理、是否超过了法定限额，以及罚款是否作为了对司机违法行为的处罚（而非单纯的收入未达标）等。如果罚款规定违反了法律法规，那么这些规定就是无效的，司机有权拒绝接受。

4. 实际操作中的建议：

   • 作为网约车司机，在签订合同时应仔细阅读合同条款，特别是关于收入、罚款等方面的规定，确保自己的权益不受侵害。
   • 如果公司确实存在不合理的罚款规定，司机可以与公司进行协商，寻求修改或废除这些规定。
   • 如果协商无果，司机可以向当地的劳动监察部门投诉，或者寻求法律援助，通过法律途径维护自己的合法权益。