关于网约车营运车超时行驶是否有罚款的问题，这主要取决于具体的地区和相关的交通管理规定。以重庆市为例，近期该市交通运输委员会发布了一项新规，对非法营运网约车的罚款标准进行了调整，其中就涉及到了行驶里程和营运时间作为罚款的计算依据。

在重庆市的新规中，明确指出了若非法营运车辆的单次行驶里程超过150公里，无论是否在特定时段运营，均会被认定为高风险行为，并可能面临高达1万元的罚款。同时，如果在凌晨2点至5点的夜间时段进行非法营运，无论行驶里程多少，也会被视为高风险行为，并同样面临1万元的罚款。这一时段的执法重点在于减少疲劳驾驶和超速风险，因此对夜间非法营运的打击力度显著增强。

此外，如果网约车同时满足“里程超150公里”和“凌晨时段运营”两个条件，罚款金额将叠加计算，最终可能达到3万元的上限。而且，如果是多次触犯，罚款金额还会加倍。

值得注意的是，这些罚款规定主要是针对非法营运的网约车。对于合法营运的网约车，如果超时行驶但并未违反其他交通规定，通常不会直接面临罚款。然而，超时行驶可能会增加疲劳驾驶和超速行驶的风险，从而间接影响交通安全，因此司机仍需谨慎驾驶，确保行车安全。

总的来说，网约车营运车超时行驶是否有罚款，取决于具体的地区和交通管理规定。在重庆市等已经出台相关新规的地区，非法营运网约车超时行驶确实可能面临罚款。因此，建议网约车司机在运营过程中严格遵守交通规定，确保合法合规运营。