公证书购房合同在法律上是有效的，但公证书的有效性取决于合同本身的合法性以及公证程序的合规性。以下是对这一问题的详细分析：
一、公证书的证据效力
根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，经过法定程序公证证明的法律事实和文书，人民法院应当作为认定事实的根据，除非有相反证据足以推翻该项公证。这意味着，在房屋买卖纠纷中，如果购房合同已经过公证，那么该合同在诉讼或仲裁过程中将具有更高的证明力，能够直接作为认定案件事实的证据使用。这有助于快速解决纠纷，保护合同双方的合法权益。
二、公证书对合同效力的影响
合同本身的合法性：购房合同的效力主要依据《民法典》等相关法律来判断。只要合同符合行为人具有相应的民事行为能力、意思表示真实、不违反法律行政法规的强制性规定且不违背公序良俗等条件，即使不经过公证，也是有效的。公证只是对合同的签订过程和合同内容的真实性、合法性进行证明，并不能改变合同本身的效力。
公证程序的合规性：公证机构在办理购房合同公证时，必须严格遵守法定程序。如果公证过程中存在违法行为，如公证员与当事人有利害关系未回避、未对合同内容进行实质审查等，可能会导致公证书被撤销而无效。
三、公证书在购房交易中的作用
增强交易安全性：通过公证，可以查验合同双方的身份和资格，以及房屋产权的真实性和合法性，从而有效防止虚假合同、一房二卖等欺诈行为的发生。这对于保护购房者的合法权益具有重要意义，也为双方交易提供了额外的安全保障。
便于办理后续手续：在某些地区或特定情况下，购房合同需要经过公证才能办理后续的产权过户、抵押登记等手续。公证后的合同可以作为办理这些手续的有效凭证，简化办事流程。
预防潜在纠纷：公证机构可以对合同中的关键条款进行明确和细化，如付款方式、交房时间、违约责任等，从而减少因理解不一致而产生的纠纷。
四、注意事项
自愿性与选择性：虽然购房合同公证具有诸多好处，但并非强制要求。是否进行公证取决于合同双方的意愿和需求。
选择正规公证机构：在进行公证时，应选择正规的公证机构，并按照相关程序和要求进行操作，以确保公证的有效性和合法性。
合同内容合法真实：确保购房合同内容真实、合法，避免存在欺诈、胁迫等情形，否则即使经过公证，合同也可能因内容违法而无效。
举例说明：假设甲和乙签订了一份购房合同，并选择了公证。在公证过程中，公证机构对双方的身份、房屋产权等进行了查验，并确认了合同内容的真实性和合法性。后来，因乙未履行合同义务，甲将乙诉至法院。此时，经过公证的购房合同将作为重要证据，有助于法院快速认定案件事实，保护甲的合法权益。
综上所述，公证书购房合同在法律上是有效的，但前提是合同本身合法且公证程序合规。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。