在建设工程施工合同中，若实际施工人挂靠公司进行施工，被挂靠的公司将面临多重法律责任。以下是对此问题的全面分析：
民事责任
- 工程质量连带责任：根据《中华人民共和国民法典》及相关司法解释，若挂靠项目出现质量问题，被挂靠公司与挂靠人需共同对发包人承担连带责任。这意味着，发包人有权要求被挂靠公司承担修复费用、赔偿损失等责任，被挂靠公司在承担责任后，有权向挂靠人追偿。
- 合同债务责任：挂靠人以被挂靠公司名义签订的采购、租赁等合同，若未按时支付款项，被挂靠公司可能需基于表见代理等法律规定先承担责任，再向挂靠人追偿。这要求被挂靠公司在对外签订合同时，必须严格审查合同相对方的资质和信誉，避免因挂靠人的行为而承担不必要的责任。
- 用工主体责任：挂靠人所招用的劳动者在施工中发生工伤或欠薪，被挂靠公司可能被认定为用工主体，需承担相应的工伤保险待遇支付及工资支付责任。这要求被挂靠公司在挂靠期间，必须加强对挂靠人用工管理的监督，确保劳动者的权益得到保障。
- 合同审查与管理责任：被挂靠公司若未对挂靠方以其名义签订的合同进行严格审查或管理，可能导致合同违约或纠纷，进而承担赔偿损失等合同责任。因此，被挂靠公司应建立完善的合同管理制度，对挂靠人签订的合同进行严格审查和管理。
行政责任
- 行政处罚：依据《中华人民共和国建筑法》，被挂靠公司允许挂靠行为将面临责令改正、没收违法所得、罚款等行政处罚。这些处罚不仅会对公司的经济利益造成损失，还会影响公司的声誉和形象。
- 资质降级或吊销：情节严重时，建设行政主管部门可降低被挂靠公司的资质等级，甚至吊销其资质证书。这将直接影响公司的市场准入和业务承接能力，对公司的长期发展产生严重影响。
- 市场准入限制：挂靠行为将被记入信用档案并公布，损害被挂靠公司的信誉和品牌形象，影响其市场准入机会。在竞争激烈的市场环境中，信誉和品牌形象是公司的重要资产，一旦受损将难以恢复。
税务与财务责任
- 挂靠行为往往伴随复杂的财务和税务操作，如处理不当（如虚开发票、逃税漏税），被挂靠公司将面临税务机关的处罚，包括补缴税款、滞纳金及罚款。这不仅会增加公司的经济负担，还可能引发更严重的法律后果。
刑事责任
- 工程重大安全事故罪：若挂靠项目发生重大安全事故，造成人员伤亡或重大财产损失，被挂靠公司及其直接负责的主管人员和其他直接责任人员可能构成工程重大安全事故罪，面临刑事处罚。这将给公司和个人带来严重的法律后果，甚至可能危及生命安全。
- 其他犯罪：在挂靠过程中，若涉及行贿等国家工作人员的行为，可能构成行贿罪等其他犯罪，根据情节严重程度，将面临不同程度的刑罚。
综合建议：
为避免上述法律责任和风险，被挂靠公司应坚决杜绝挂靠行为，加强内部管理，确保工程项目合规。在选择合作伙伴时，应谨慎审查对方资质和信誉，避免因他人违法行为而牵连自身。同时，应建立完善的合同管理制度和用工管理制度，确保所有合同和用工行为均符合法律规定。若遇到挂靠相关法律问题，可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律意见和帮助。