结论：在商事案件中，若案件包含借款协议和刑事案件两部分，且刑事案件部分涉及实控人的违法行为，那么是可以控告实控人的。不过，具体能否控告成功以及控告的路径和策略，需根据案件具体情况和法律规定来详细分析。
分析角度一：借款协议与刑事案件的关联性
若借款协议本身涉嫌犯罪：
- 如果借款协议是实控人实施诈骗、非法集资等犯罪行为的工具，那么该协议可能因违法而无效。在此情况下，受害者可以直接向公安机关报案，控告实控人涉嫌相关犯罪。
- 例如，实控人通过虚构项目、伪造文件等手段，诱使投资者签订借款协议并支付资金，随后将资金挪作他用或挥霍一空。这种情况下，借款协议就是实控人实施诈骗的载体，受害者可以控告实控人诈骗罪。
若借款协议与刑事案件无直接关联：
- 如果借款协议本身合法有效，但实控人在履行协议过程中或协议之外实施了其他犯罪行为（如挪用资金、职务侵占等），那么受害者可以针对实控人的犯罪行为进行控告。
- 例如，实控人作为公司法定代表人，利用职务便利将公司资金挪作个人使用，虽然这一行为与借款协议无直接关联，但受害者（如公司或其他股东）可以控告实控人挪用资金罪或职务侵占罪。
分析角度二：控告实控人的法律路径
刑事控告：
- 受害者可以向公安机关报案，提供实控人涉嫌犯罪的证据和线索。公安机关在调查后，如果认为有犯罪事实发生且需要追究刑事责任，会立案侦查。
- 在刑事控告过程中，受害者需要积极配合公安机关的调查工作，提供必要的证据和协助。同时，受害者也可以委托律师代理控告事宜，以更好地维护自己的合法权益。
民事诉讼与刑事控告并行：
- 在控告实控人刑事犯罪的同时，受害者还可以根据借款协议的约定，向法院提起民事诉讼，要求实控人承担违约责任或赔偿责任。
- 民事诉讼和刑事控告是两种不同的法律程序，它们可以并行不悖。通过民事诉讼，受害者可以追回因实控人违约或违法行为而遭受的损失；通过刑事控告，受害者可以追究实控人的刑事责任，维护社会公平正义。
分析角度三：控告实控人可能面临的法律后果
实控人可能面临的刑事责任：
- 如果实控人被认定构成犯罪，他将面临刑事处罚，如有期徒刑、罚金等。具体刑罚的轻重将取决于犯罪的性质、情节以及实控人的认罪态度等因素。
受害者可能获得的救济：
- 在刑事控告成功后，受害者可以通过刑事附带民事诉讼或单独提起民事诉讼的方式，要求实控人赔偿因犯罪行为而遭受的损失。
- 此外，如果实控人被判处刑罚并涉及财产刑（如罚金、没收财产等），受害者还可以在执行阶段申请参与分配实控人的财产，以尽可能追回自己的损失。
建议：
- 在控告实控人之前，受害者应充分收集证据和线索，确保控告的准确性和有效性。
- 受害者可以委托专业律师代理控告事宜，以更好地维护自己的合法权益。律师可以根据案件具体情况和法律规定，为受害者制定合适的控告策略和方案。
- 在控告过程中，受害者应积极配合公安机关和法院的调查工作，提供必要的证据和协助。同时，受害者也应保持冷静和理性，避免采取过激行为或言语攻击实控人，以免影响控告的顺利进行。
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