在医疗纠纷案件已经提起民事诉讼的情况下，医疗事故鉴定仍然是有期限限制的。以下从不同角度为您详细分析：

一、医疗事故鉴定申请的期限

1. 一般期限：根据相关规定，当事人自知道或者应当知道其身体健康受到损害之日起1年内，有权向卫生行政部门提出医疗事故争议处理申请，并进而申请医疗事故鉴定。这一期限是法定的，旨在促使当事人及时行使权利，避免证据灭失或难以收集。

2. 特殊情况下的期限延长：在特殊情况下，如患者突然死亡或因残疾无法行动等，导致无法及时提出申请的，该时限可适当延长，但最长不得超过3年。这是为了照顾到当事人的特殊困难，确保他们不会因不可抗力或客观原因而失去申请鉴定的机会。

二、医疗事故鉴定流程的期限

1. 卫生行政部门受理与通知期限：卫生行政部门在收到医疗事故争议处理申请后，应于10日内完成审查，并作出是否受理的决定。对于符合规定的申请，应立即受理，并在5日内将相关材料转交至负责医疗事故技术鉴定的医学会，同时书面通知申请人。

2. 医学会组织鉴定的期限：

   • 首次鉴定：医学会在受理医疗事故技术鉴定申请后，应在5日内通知双方当事人提交鉴定所需材料、书面陈述及答辩。当事人应在收到医学会通知后的10日内提交相关材料。医学会在收到双方提交的全部材料后，应于45日内组织专家进行鉴定，并出具医疗事故技术鉴定书。若情况复杂需延期，延长期限不得超过90天，即总鉴定期限不超过135天。
   • 再次鉴定：当事人对首次鉴定结论不服的，可在收到首次鉴定结论之日起15日内向医疗机构所在地卫生行政部门提出再次鉴定申请。省、自治区、直辖市地方医学会负责组织再次鉴定工作，其鉴定程序及时限要求与首次鉴定基本一致。

三、诉讼时效与鉴定申请的关系

1. 诉讼时效的起算：根据《民法典》的规定，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年，自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。在医疗纠纷案件中，这一时效期间同样适用。因此，当事人在提起民事诉讼时，需要确保在诉讼时效期间内提出，否则可能面临法院不予支持的风险。

2. 鉴定申请与诉讼时效的衔接：虽然医疗事故鉴定申请有其独立的期限限制，但这一期限通常与诉讼时效期间相衔接。当事人在提起民事诉讼前或诉讼过程中，如果需要申请医疗事故鉴定，应确保在鉴定申请期限内提出，并尽快完成鉴定程序，以便在诉讼时效期间内提交鉴定结论作为证据。

四、实际操作建议

1. 及时咨询：在发现医疗纠纷后，当事人应及时咨询专业律师，了解具体的诉讼时效规定和医疗事故鉴定流程，以便在法定期限内有效行使自己的权利。

2. 收集证据：尽快收集与医疗纠纷相关的所有证据，包括病历、诊断报告、医疗费用清单等，为申请医疗事故鉴定和提起民事诉讼做好准备。

3. 及时申请鉴定：在了解鉴定申请期限后，当事人应及时向卫生行政部门提出医疗事故争议处理申请，并按照医学会的要求提交相关材料，确保鉴定程序能够顺利进行。

4. 关注诉讼时效：在提起民事诉讼时，当事人需要关注诉讼时效期间，确保在法定期限内提起诉讼，并提交鉴定结论等证据支持自己的主张。

综上所述，医疗纠纷案件已经提起民事诉讼的情况下，医疗事故鉴定仍然是有期限限制的。当事人需要了解并遵守相关期限规定，确保在法定期限内提出鉴定申请和提起民事诉讼，以维护自己的合法权益。如果您在医疗纠纷方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。