结论：小区楼顶种花种菜是否违规，需根据具体情况判断，包括房屋产权性质、小区管理规约、是否侵犯他人权益以及是否违反城市规划等。若物业不允许，可通过沟通协商、了解规定、寻求调解或法律途径等方式解决。
详细分析：
房屋产权性质：
- 若您拥有的是独立房屋（如农村自建房、独栋别墅等）的产权，且楼顶属于您的专有部分，那么您对楼顶享有自主使用的权利。在此情况下，只要种花种菜行为不损害公共利益和他人合法权益，不违反相关法律法规及小区管理规定，通常是被允许的。
- 若您居住的是城市住宅小区中的商品房，楼顶可能属于共有部分，由全体业主共同所有。在此情况下，您需遵守小区管理规约和业主大会的决策，不得擅自改变楼顶用途。
小区管理规约：
- 小区管理规约是业主共同遵守的行为准则，通常包括对共有部分的使用规定。若规约明确禁止在楼顶种植，则您的种花种菜行为将违反规约。虽然规约并非法律，但业主签署同意后需履行，否则可能面临物业服务企业的处理措施，如要求恢复原状、罚款等。
侵犯他人权益：
- 在楼顶种花种菜过程中，若因浇水、施肥等原因导致污水渗漏至楼下邻居家，造成损坏或影响生活，将侵犯邻居的相邻权。根据《中华人民共和国民法典》关于相邻关系的规定，您需承担停止侵害、排除妨碍、赔偿损失等民事责任。
违反城市规划等其他规定：
- 部分城市对建筑物外观和风貌有统一规划要求。若您在楼顶种花种菜搭建的设施不符合规划，影响城市美观和布局，将违反《城乡规划法》等相关规定，可能面临整改或处罚。
若物业不允许，协商建议：
沟通协商：
- 首先，您可以与物业进行沟通，了解他们不允许的具体原因。若是出于安全、卫生或管理考虑，您可以提出相应的解决方案，如加强防水措施、定期清理等，以消除物业的顾虑。
了解规定：
- 查阅小区管理规约和相关法律法规，了解楼顶使用的具体规定。若您认为自己的行为并未违反规定，可以向物业提供相关依据，争取他们的理解和支持。
寻求调解：
- 若沟通协商无果，您可以寻求业主委员会或社区调解委员会的帮助，进行调解。调解过程中，您可以充分表达自己的诉求和理由，同时听取物业和其他业主的意见，寻求双方都能接受的解决方案。
法律途径：
- 若调解仍无法解决问题，您可以考虑通过法律途径解决。在此之前，建议您咨询专业律师（即我，崔刚强律师，专注于民间借贷、离婚、合同纠纷、律师会见、保险理赔、房屋买卖领域），了解自己的权益和可能的法律后果，以便做出明智的决策。
总之，小区楼顶种花种菜是否违规需根据具体情况判断。若物业不允许，您可以通过沟通协商、了解规定、寻求调解或法律途径等方式解决。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。