物业不让在顶楼种花是否违法，需视具体情况而定。以下从不同角度进行分析：
一、合法情况
个人产权且无违规：
- 如果顶楼属于个人产权（例如购买顶层房屋时合同明确约定顶楼归个人使用），并且个人在种植过程中严格遵守了法律法规，没有损害公共利益，也没有影响相邻关系（如未造成污水渗漏、未影响楼下邻居的正常生活等），那么物业无权禁止，种植花草是个人合法的自主行为。
全体业主同意且符合规定：
- 若顶楼属于全体业主共有的区域，在经过全体业主同意（如通过业主大会讨论通过），并制定了合理的顶楼使用规则，明确种植花草的范围、方式等，同时确保不存在安全隐患（如花盆固定稳固、不会因恶劣天气掉落等）的情况下，物业也不应禁止，此时楼顶种花草是合法的。
二、可能存在的不合法情况
未经许可占用公共区域：
- 顶楼通常被视为建筑物的共有部分，归全体业主共同所有。未经全体业主或业主大会的明确同意，私自占用顶楼进行种植，将构成擅自占用公共区域的违法行为，侵犯了其他业主的合法权益。此时，物业有权进行制止和管理。
破坏建筑结构或造成安全隐患：
- 在种植花草的过程中，若对顶楼原有结构进行改动，如打孔、破坏防水层等，可能导致顶楼漏水、墙体开裂等安全问题，不仅违反了相关建筑法规（如《建设工程质量管理条例》中关于不得擅自变动房屋建筑主体和承重结构的规定），还可能因造成他人财产损失而需承担法律责任。物业有权要求停止种植行为并恢复原状。
违反小区管理规约：
- 小区管理规约是全体业主共同制定的规则，具有约束力。如果规约中明确禁止在顶楼种植花草，那么任何违反此规定的种植行为都是不被允许的。物业有权依据规约采取管理措施，如要求整改，甚至可能引发法律纠纷。
三、建议与注意事项
- 了解产权归属与规定：在决定顶楼种植花草前，务必了解顶楼的产权归属以及当地的相关法律法规和小区管理规定。
- 征得同意与制定规则：若是共有区域，应事先征得全体业主或业主大会的同意，并制定详细的顶楼使用规则。
- 确保安全与合规：确保种植过程不会对建筑结构造成破坏，也不会对他人生活造成影响。使用稳固的花盆、做好排水处理等，以降低安全风险。
- 与物业和邻居沟通：与物业和邻居保持良好沟通，避免因种植行为引发不必要的矛盾。如果物业提出异议，应积极协商解决。
综上所述，物业不让在顶楼种花是否违法，取决于顶楼的产权归属、是否获得许可、是否遵守规定以及是否对他人或建筑安全造成影响。在进行此类活动前，建议充分了解相关规定并咨询专业人士（如向我咨询）的意见，以确保行为的合法性。