结论：在孩子不满两岁且患有重大疾病，女方丢下孩子不管、不付医疗费的情况下，若起诉离婚，孩子一般会判给男方，但并非绝对，还需结合其他因素综合判断。
详细分析：
法律原则与倾向：
- 根据《中华人民共和国民法典》及相关司法解释，在离婚案件中，法院判决子女抚养权归属的基本原则是“最有利于未成年子女”。对于不满两周岁的子女，原则上判归母亲直接抚养，但这一原则并非绝对，存在例外情况。
- 在本案例中，孩子患有重大疾病，需要特殊的照顾和医疗支持。若女方在此情况下丢下孩子不管、不付医疗费，显然未尽到作为母亲的基本抚养义务，这可能成为法院判决抚养权归属时的重要考量因素。
具体考量因素：
- 经济能力：法院会考虑双方的经济状况，包括收入、财产等，以判断哪一方更有能力为孩子提供稳定的生活环境和必要的医疗支持。
- 抚养条件：除了经济能力外，法院还会考虑双方的抚养条件，如居住环境、教育背景、与孩子的亲密程度等。若男方能提供更好的抚养条件，包括更稳定的居住环境、更丰富的教育资源以及更亲密的亲子关系，这将有利于其获得抚养权。
- 女方行为：女方丢下孩子不管、不付医疗费的行为，显然不利于孩子的健康成长。这种行为可能被视为女方未尽到抚养义务，从而成为法院判决抚养权归属时的负面因素。
可能的判决结果：
- 在综合考虑上述因素后，若法院认为男方更有能力为孩子提供稳定的生活环境和必要的医疗支持，且女方存在未尽抚养义务的行为，那么法院很可能会将抚养权判给男方。
- 然而，若女方能证明自己有能力并愿意承担抚养责任，或者男方存在不利于孩子成长的情形（如虐待、遗弃等），那么法院也可能将抚养权判给女方或考虑其他抚养安排。
后续建议：
- 若男方希望获得抚养权，应积极收集证据证明自己的经济能力和抚养条件优于女方，同时证明女方存在未尽抚养义务的行为。
- 在诉讼过程中，男方应保持冷静和理性，避免与女方发生不必要的冲突和争执，以免对孩子的身心健康造成不良影响。
- 无论抚养权最终判给哪一方，双方都应积极履行抚养义务，为孩子的健康成长提供必要的支持和保障。
特殊情况说明：
- 若女方在诉讼过程中表示愿意承担抚养责任并改正自己的行为，或者男方存在不利于孩子成长的情形，那么法院可能会考虑其他抚养安排，如共同抚养或轮流抚养等。
- 在实际操作中，法院还会根据案件的具体情况和当地司法实践进行综合判断和裁决。
总结与建议：
- 在孩子不满两岁且患有重大疾病的情况下，若女方丢下孩子不管、不付医疗费，男方起诉离婚时获得抚养权的可能性较大。但具体判决结果还需结合双方的经济能力、抚养条件以及女方行为等因素综合判断。
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