结论：夜晚临时靠边停车，打了闪光灯且全程不超过三分钟，是否属于违法停车，需结合具体停车地点、当地交通法规以及是否存在其他违法行为等因素综合判断。以下从不同角度进行分析：
停车地点的影响：
- 禁止停车区域：如果停车地点位于禁止停车的路段，如消防通道、公交车站、交叉路口等，即使打了闪光灯且停车时间短暂，也构成违法停车。因为这些区域对交通流畅和公共安全至关重要，任何停车行为都可能造成严重后果。
- 允许临时停车区域：如果停车地点是允许临时停车的路段，如路边临时停车位、未禁止停车的辅道等，且打了闪光灯以警示其他车辆和行人，同时停车时间短暂（如三分钟以内），则通常不构成违法停车。但需注意，即使在这些区域停车，也应确保不妨碍其他车辆和行人的正常通行。
当地交通法规的考量：
- 不同地区的交通法规可能对临时停车有具体规定，如停车时间限制、是否需要开启闪光灯等。因此，在判断是否违法停车时，需参考当地的交通法规。例如，某些地区可能规定临时停车不得超过一定时间（如五分钟），且必须开启闪光灯。如果违反这些规定，即使停车时间短暂，也可能构成违法停车。
是否存在其他违法行为：
- 除了停车地点和停车时间外，还需考虑是否存在其他违法行为，如未按规定放置警示标志、未开启闪光灯（在需要的情况下）、停车时妨碍其他车辆和行人通行等。如果存在这些违法行为，即使停车时间短暂，也可能构成违法停车或受到其他处罚。
法律建议：
- 在夜晚临时靠边停车时，应首先确认停车地点是否允许临时停车，并遵守当地的交通法规。
- 如果需要临时停车，应开启闪光灯以警示其他车辆和行人，并尽量缩短停车时间。
- 如果停车地点存在禁止停车的标志或标线，应避免在此停车，以免构成违法停车。
- 如果对当地交通法规不熟悉或存在疑问，建议咨询当地交通管理部门或专业律师以获取准确信息。
可能的法律后果：
- 如果构成违法停车，可能会面临罚款、扣分等处罚。具体处罚标准需参考当地的交通法规。
- 如果违法停车行为导致交通事故或其他严重后果，还可能承担相应的民事责任或刑事责任。
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