核心结论：在民营企业职务犯罪案件中，若股东未被起诉，可分以下情况处理：

1. 股东未被起诉的合法性分析
   若检察机关未对股东提起公诉，通常存在两种可能：

   • 证据不足：现有证据无法证明股东存在共同犯罪故意或参与犯罪行为（如未参与决策、未分赃等）。
     
   • 责任豁免：股东行为可能不构成犯罪（如仅履行正常管理职责），或符合法定免责情形（如及时退赃、自首立功等）。
     建议：股东可委托律师查阅案卷材料，确认未被起诉的具体原因，评估是否存在被追加起诉的风险。

2. 股东如何主动应对风险

   • 自证清白：若股东确未参与犯罪，应整理会议记录、审批流程、财务凭证等证据，证明自身行为合法合规。
     
   • 配合调查：若被要求协助调查，需如实陈述事实，避免因隐瞒或虚假陈述被追究包庇罪等次生责任。
     
   • 申请解除限制：若股东因案件被采取强制措施（如取保候审、冻结资产），可委托律师申请解除或变更措施。

3. 若股东认为应被起诉但未被起诉

   • 申请检察机关监督：根据《刑事诉讼法》第177条，被害人及其法定代理人可向检察机关提出申诉，要求说明不立案理由。
     
   • 提起刑事自诉：若符合《刑事诉讼法》第210条自诉案件范围（如侮辱、诽谤等），股东可直接向法院提起自诉，但职务犯罪通常不适用此途径。
     注意：职务犯罪一般由公权力机关追诉，股东自行启动刑事程序的空间有限，需结合具体罪名和证据情况判断。

4. 民事赔偿与内部追责

   • 股东连带责任：若股东存在过错（如未履行监督职责导致公司损失），其他股东或公司可依据《公司法》第149条、第151条提起股东代表诉讼，要求其赔偿损失。
     
   • 内部协议追责：若股东之间有对赌协议或责任约定，可依据《民法典》合同编主张违约责任。
     

行动建议：

• 立即委托律师介入，分析案件证据链和法律适用；
  
• 区分刑事责任与民事责任，制定分阶段应对策略；
  
• 避免私下协商或转移资产，防止被认定为“毁灭证据”或“逃避债务”。
  

如有进一步细节（如具体罪名、股东参与程度等），可提供更多信息以便针对性分析。