当您一开始起诉公司，但后来发现公司已经“跑路”（即公司可能已注销、吊销或无法联系到实际经营人）时，您可以考虑起诉以下主体，具体取决于公司的实际状况和法律规定：
公司股东或实际控制人：
- 情况说明：如果公司已经注销，但注销程序存在违法或不当之处（如未依法清算、未通知债权人等），您可以考虑起诉公司的股东或实际控制人。根据《公司法》及相关司法解释，股东或实际控制人在特定情况下需对公司债务承担连带责任。
- 法律依据：《公司法》第二十条第三款规定：“公司股东滥用公司法人独立地位和股东有限责任，逃避债务，严重损害公司债权人利益的，应当对公司债务承担连带责任。”此外，如果公司未经清算即办理注销登记，导致公司无法进行清算，债权人主张有限责任公司的股东、股份有限公司的董事和控股股东，以及公司的实际控制人对公司债务承担清偿责任的，人民法院应依法予以支持。
其他关联公司或个人：
- 情况说明：如果公司“跑路”后，其业务、资产或人员被其他关联公司或个人接收或继续经营，且这些接收行为导致原公司债务无法得到清偿，您也可以考虑起诉这些关联公司或个人。
- 法律依据：这主要依据的是《民法典》中关于债权债务转移、合并分立等规定，以及《公司法》中关于公司合并、分立时债务承担的规定。如果关联公司或个人通过不当手段接收了原公司的资产或业务，并因此损害了债权人的利益，他们可能需要承担相应的法律责任。
清算义务人（如公司董事、高管等）：
- 情况说明：如果公司已经进入清算程序，但清算义务人（如公司董事、高管等）未依法履行清算义务，导致公司财产贬值、流失、毁损或者灭失，或者公司主要财产、账册、重要文件等灭失，无法进行清算，债权人可以主张清算义务人对公司债务承担相应赔偿责任。
- 法律依据：《公司法》及相关司法解释明确规定了清算义务人的责任和义务，以及未依法履行清算义务时应承担的法律后果。
在采取法律行动前，建议您先进行以下工作：
- 调查公司状况：通过工商登记信息、税务登记信息、银行账户信息等途径，了解公司的实际经营状况、资产状况和股东结构等信息。
- 收集证据：收集与案件相关的所有证据，包括合同、发票、付款记录、通信记录等，以证明您的债权和公司的违约行为。
- 咨询专业律师：在采取法律行动前，建议您咨询专业律师，了解您的权利和义务，以及可能的法律后果和诉讼风险。
最后，我想强调的是，每个案件都有其独特性和复杂性，因此在实际操作中，您需要根据具体情况和法律规定来制定合适的诉讼策略。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。