结论：电动汽车更换新电机未及时变更备案，发生交通事故后保险公司是否理赔，需分情况讨论，主要取决于保险合同条款约定、未备案与事故的因果关系以及是否履行了如实告知义务等因素。以下为具体分析：

1. 保险合同条款的约定
   保险合同是保险公司与投保人之间权利义务的核心依据。若合同中明确约定“车辆改装、变更重要部件（如电机）需及时通知保险公司并办理变更备案，否则保险公司有权拒赔”，且该条款以加粗、加黑等显著方式提示投保人注意，同时投保人已在合同上签字确认，则保险公司可能依据该条款拒赔。
   但若合同未明确约定此类条款，或条款表述模糊（如仅笼统规定“车辆变更需通知”但未明确范围），则保险公司拒赔的依据可能不足，需结合其他因素综合判断。

2. 未变更备案与事故的因果关系
   根据《保险法》及相关司法实践，保险公司拒赔需证明“未变更备案”与“事故发生”之间存在直接因果关系。例如：

   • 若新电机存在质量问题（如设计缺陷、安装不当），导致车辆失控引发事故，且未备案导致保险公司无法及时评估风险，则保险公司可能以“未如实告知影响风险评估”为由拒赔；
     
   • 若事故系第三方全责（如被其他车辆撞击），且新电机的更换与事故无任何关联，则保险公司通常需正常理赔，未备案行为可能仅涉及行政处罚（如交警部门对车辆改装的处罚），但不影响保险合同效力。

3. 投保人是否履行如实告知义务
   根据《保险法》第十六条，投保人需对保险人提出的“与保险标的有关的重要情况”如实告知。电机作为电动汽车的核心部件，其更换属于“重要情况”。若投保人未主动告知保险公司电机更换事实，且保险公司能够证明该信息“足以影响其决定是否承保或提高费率”，则保险公司有权解除合同并拒赔（但需在知道解除事由后30日内行使，且合同成立未超过2年）。
   但若保险公司未在投保时主动询问电机是否更换（如未在投保单中列明相关问题），则投保人无需承担告知义务，保险公司不得以此拒赔。

4. 行政处罚与保险理赔的独立性
   需注意，车辆未变更备案可能违反《道路交通安全法》或《机动车登记规定》，面临交警部门的罚款、扣分等行政处罚，但这与保险理赔是两个独立的法律关系。行政处罚的存在不直接导致保险合同无效或拒赔，保险公司仍需基于保险合同和事故因果关系判断是否理赔。

建议：

• 若事故已发生，建议立即联系保险公司说明情况，并补充提交电机更换的合法证明（如维修发票、合格证等），争取协商理赔；
  
• 若保险公司拒赔，可要求其出具书面拒赔通知，并依据合同条款和上述法律分析，通过投诉、仲裁或诉讼途径维权；
  
• 未来若需更换车辆重要部件，建议提前咨询保险公司是否需要变更备案，避免类似纠纷。
  

如有进一步疑问，可直接向我咨询，我会结合具体案情为您详细分析。