结论：公司董事长违纪违法，财务科长是否有责任，需根据具体情况判断，包括财务科长是否知情、是否参与、是否履行了相应职责等因素。以下从不同角度进行分析：

1. 如果财务科长不知情且未参与：

   • 法律背景：根据《中华人民共和国刑法》及相关司法解释，单位犯罪的成立通常要求单位内部成员共同实施犯罪行为。若财务科长对董事长的违纪违法行为完全不知情，且未以任何形式参与，那么从法律上讲，财务科长不构成共同犯罪，不应承担刑事责任。
   • 法律建议：在此情况下，财务科长应保留好相关证据，如工作记录、通讯记录等，以证明自己不知情且未参与，从而避免不必要的法律纠纷。

2. 如果财务科长知情但未参与：

   • 法律背景：知情不报在某些情况下可能构成包庇罪或帮助毁灭、伪造证据罪等，但这通常要求行为人具有特定的法律义务，如夫妻、父母子女等特定关系人之间的包庇行为，或者作为证人、鉴定人等具有特定职责的人员。对于财务科长而言，除非其具有特定的法律义务（如作为公司高管对违法行为的报告义务，但这一义务通常不直接导致刑事责任，除非法律有特别规定），否则一般不因知情不报而承担刑事责任。然而，如果财务科长在知情后未采取任何措施，如未向相关部门报告或未阻止违法行为的发生，可能面临公司内部的纪律处分或民事责任。
   • 法律建议：财务科长在知情后，应评估自己的法律义务和道德责任，考虑向公司高层或相关部门报告，以维护公司利益和法律秩序。同时，保留好相关证据，以证明自己未参与违法行为。

3. 如果财务科长参与违纪违法行为：

   • 法律背景：若财务科长直接参与董事长的违纪违法行为，如协助伪造财务报告、挪用资金等，那么财务科长将构成共同犯罪，需承担相应的刑事责任。根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，共同犯罪中的各行为人将根据其在犯罪中的作用和地位承担相应的刑罚。
   • 法律建议：在此情况下，财务科长应立即停止违法行为，并考虑向相关部门自首，以争取从轻或减轻处罚。同时，积极配合调查，如实供述自己的罪行，以体现悔罪态度。

4. 特殊情况：财务科长未履行职责导致违法行为发生：

   • 法律背景：如果财务科长作为公司财务管理的主要负责人，因未履行职责（如未建立健全的财务制度、未进行有效的财务监督等）导致董事长能够实施违纪违法行为，那么财务科长可能因失职行为而承担相应的民事责任或行政责任。然而，这种责任通常不直接导致刑事责任，除非法律有特别规定。
   • 法律建议：财务科长应加强自身职责的履行，建立健全的财务制度，加强财务监督，确保公司财务活动的合法性和合规性。同时，定期对公司财务状况进行审计和评估，及时发现并纠正潜在的问题。

进一步思考：在处理此类问题时，还需考虑公司章程、内部管理制度以及相关法律法规的具体规定。不同公司、不同行业可能存在不同的管理要求和法律规范，因此财务科长在应对董事长违纪违法行为时，应结合具体情况进行判断和处理。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。