在对方机动车主责、我方非机动车次责的情况下，机动车的修车费赔偿问题，主要依据事故责任比例来确定双方的赔偿义务。具体来说：
赔偿原则：
- 根据《中华人民共和国道路交通安全法》及相关司法解释，交通事故中，各方应按照各自的责任比例承担赔偿责任。
- 在机动车与非机动车之间发生交通事故，且机动车一方负主要责任的情况下，机动车的修车费用通常不会全部由非机动车一方承担，而是根据责任比例进行分摊。
责任比例与赔偿计算：
- 假设事故责任比例为机动车70%、非机动车30%（具体比例需根据事故实际情况和交警认定书确定）。
- 机动车的修车费用为X元，则非机动车一方应承担的赔偿金额为：\(X \times 30\%\)。
- 机动车一方自行承担剩余的70%修车费用。
示例计算：
- 若机动车修车费用为10000元，非机动车一方应承担的赔偿金额为：\(10000 \times 30\% = 3000\)元。
- 机动车一方自行承担7000元。
特殊情况考虑：
- 如果非机动车一方存在故意或重大过失行为（如闯红灯、逆行等），且这些行为是导致事故发生的主要原因，那么非机动车一方可能需要承担更高的赔偿责任比例。
- 如果机动车一方存在违法驾驶行为（如超速、酒驾等），且这些行为与事故发生有直接关系，那么机动车一方可能需要自行承担更多的修车费用，甚至可能面临其他法律责任。
实际操作建议：
- 在处理此类事故时，建议双方首先通过交警部门进行事故责任认定，并获取事故认定书作为赔偿依据。
- 如果双方对赔偿金额存在争议，可以协商解决；协商不成的，可以向人民法院提起诉讼，由法院根据事故责任比例和实际情况进行判决。
- 在赔偿过程中，建议保留好相关证据（如修车发票、事故认定书等），以便在需要时提供证明。
总结来说，在对方机动车主责、我方非机动车次责的情况下，机动车的修车费用应按照事故责任比例进行分摊。非机动车一方只需承担其应负责的部分，无需承担全部修车费用。如果双方对赔偿问题存在争议，建议通过法律途径解决。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。