竞业协议补偿的基数并不一定是实际到手的工资，而是通常以劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资为计算基数。以下是对这一问题的详细分析：
一、法律规定
根据《中华人民共和国劳动合同法》第二十三条的规定，对负有保密义务的劳动者，用人单位可以在劳动合同或者保密协议中与劳动者约定竞业限制条款，并约定在解除或者终止劳动合同后，在竞业限制期限内按月给予劳动者经济补偿。虽然法律并未明确规定竞业限制补偿的具体计算基数，但通常实践中会以劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资为基准。
二、计算基数的确定
平均工资的计算：
- 平均工资通常包括劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月内的所有工资性收入，如基本工资、奖金、津贴、补贴等。
- 需要注意的是，这里的“工资”是指应发工资，而非实际到手的工资。应发工资是劳动者在提供正常劳动后应得的全部报酬，包括个人应缴纳的社会保险费、住房公积金等。
特殊情况的处理：
- 如果劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月内的工资存在异常波动（如因病假、事假等原因导致工资大幅减少），则可能需要根据实际情况进行调整，以确保补偿的公平性和合理性。
- 如果双方在竞业限制协议中明确约定了补偿的计算基数，且该约定不违反法律、行政法规的强制性规定，也不违背公序良俗，则应当按照约定执行。
三、实践中的操作
协议约定优先：
- 在签订竞业限制协议时，双方可以明确约定补偿的计算基数和支付方式。这样可以在后续履行过程中减少争议和纠纷。
协商确定：
- 如果双方在协议中没有明确约定补偿的计算基数，或者约定不明确，则可以通过协商的方式确定。在协商过程中，双方可以参考行业惯例、劳动者的工作性质、岗位价值等因素进行综合考虑。
法律救济：
- 如果双方无法就补偿的计算基数达成一致意见，或者用人单位拒绝支付竞业限制补偿，劳动者可以通过法律途径维护自己的合法权益。例如，可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，或者向人民法院提起诉讼。
四、建议
对于劳动者：
- 在签订竞业限制协议时，务必仔细阅读协议条款，特别是关于补偿的计算基数和支付方式的部分。如有疑问或不明确之处，应及时向用人单位提出并协商解决。
- 在履行竞业限制义务期间，应保留好相关证据（如工资单、银行流水等），以便在发生争议时能够证明自己的权益。
对于用人单位：
- 在制定竞业限制协议时，应明确约定补偿的计算基数和支付方式，以避免后续履行过程中的争议和纠纷。
- 在支付竞业限制补偿时，应按时、足额支付，并保留好相关证据（如支付凭证、劳动者签收记录等）。
如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。