结论：建筑公司在被执行阶段将工程款以支票形式背书转走是否合法，需根据具体情况判断，包括是否恶意逃避债务、是否违反法院执行措施、是否损害其他债权人利益等。以下从不同角度详细分析：
一、合法情形
正常商业往来：
- 如果建筑公司在被执行阶段，因正常的商业往来需要支付工程款，且该支付行为并非为了逃避债务或损害其他债权人利益，那么以支票形式背书转走工程款是合法的。
- 例子：建筑公司与供应商之间存在合法的买卖合同，建筑公司需按合同约定支付货款，此时以支票形式背书转走工程款用于支付货款，属于正常商业行为。
法院许可或协助执行：
- 如果建筑公司因涉及其他诉讼或执行案件，需要按照法院的许可或协助执行通知书的要求，将工程款支付至指定账户或用于履行特定义务，那么这种支付行为也是合法的。
- 法律依据：根据《中华人民共和国民事诉讼法》及相关司法解释，法院有权对被执行人的财产采取查封、扣押、冻结等执行措施，并有权要求被执行人履行特定义务。
二、非法情形
恶意逃避债务：
- 如果建筑公司在被执行阶段，明知存在未清偿的债务，却故意将工程款以支票形式背书转走，以逃避债务履行，那么这种行为是违法的。
- 法律后果：根据《中华人民共和国民法典》及相关司法解释，恶意逃避债务的行为可能构成拒不执行判决、裁定罪，建筑公司及其相关责任人员可能面临刑事处罚。
违反法院执行措施：
- 如果法院已经对建筑公司的工程款采取了查封、扣押、冻结等执行措施，建筑公司却擅自将工程款以支票形式背书转走，那么这种行为也是违法的。
- 法律后果：根据《中华人民共和国民事诉讼法》及相关司法解释，违反法院执行措施的行为可能面临罚款、拘留等处罚，情节严重的还可能构成犯罪。
损害其他债权人利益：
- 如果建筑公司在被执行阶段，将工程款以支票形式背书转走，导致其他债权人的债权无法得到清偿或受到损害，那么这种行为也可能构成违法。
- 法律原则：根据《中华人民共和国民法典》中的公平原则和诚实信用原则，债务人应当履行其债务，不得损害债权人的合法权益。
三、建议与注意事项
遵守法律法规：
- 建筑公司在被执行阶段应当严格遵守法律法规和法院的执行措施，不得擅自转移、隐匿财产或逃避债务履行。
积极沟通协商：
- 如果建筑公司确实存在支付困难或需要与其他债权人协商解决债务问题，应当积极与债权人沟通协商，寻求合法合理的解决方案。
寻求法律帮助：
- 如果建筑公司对执行措施或债务履行问题存在疑问或困惑，应当及时寻求专业律师的法律帮助，以确保自身权益得到合法保护。
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