结论：用其他挖掘机顶替被政府扣押的挖机并签订协议这一行为，其合法性取决于多个因素，包括顶替行为是否违反法律法规、协议内容是否合法合规等。以下从不同角度进行分析：
一、顶替行为本身的合法性
若顶替行为涉及违法活动：
- 如果被扣押的挖机是因为从事非法挖沙等违法活动而被政府扣押，那么用其他挖掘机顶替这一行为本身可能也构成违法。因为顶替行为可能被视为继续从事或掩盖违法活动的手段，从而面临法律制裁。
若顶替行为不涉及违法活动：
- 如果顶替行为本身并不涉及违法活动，比如只是为了完成某项合法的工程任务，而临时调用其他挖掘机进行替代，那么这一行为本身可能并不违法。但需要注意的是，即使顶替行为本身不违法，也需要确保后续的操作和协议签订都符合法律法规的要求。
二、协议内容的合法性
协议内容需合法合规：
- 无论顶替行为是否违法，签订的协议内容都必须合法合规。协议中不能包含任何违法、违规或侵犯他人权益的条款。例如，协议中不能约定通过顶替行为来逃避法律责任或进行其他违法活动。
协议需明确双方权利和义务：
- 协议应明确双方的权利和义务，包括顶替挖掘机的使用范围、期限、费用、责任承担等。这有助于避免后续因协议内容不明确而产生的纠纷。
协议需符合形式要件：
- 根据相关法律法规的规定，某些类型的协议可能需要满足特定的形式要件，如书面形式、签字盖章等。因此，在签订协议时，需要确保协议符合这些形式要件的要求。
三、可能的法律后果
若顶替行为和协议均违法：
- 如果顶替行为和签订的协议均违反了法律法规的规定，那么双方可能面临法律制裁，包括罚款、没收违法所得、吊销许可证等。同时，协议也可能被认定为无效协议，无法产生法律效力。
若仅协议内容违法或存在瑕疵：
- 如果顶替行为本身不违法，但协议内容存在违法或瑕疵情况，那么协议可能部分或全部无效。这可能导致双方无法按照协议约定履行义务，进而引发纠纷和损失。
四、建议
遵守法律法规：
- 在进行任何活动或签订任何协议时，都应严格遵守法律法规的规定，确保行为的合法性和合规性。
咨询专业律师：
- 在涉及复杂法律问题或不确定如何操作时，建议咨询专业律师的意见。律师可以根据具体情况提供法律建议和指导，帮助避免法律风险。不过，既然你已经在向我咨询，我会尽我所能为你提供专业的法律意见。
谨慎签订协议：
- 在签订协议前，应仔细阅读协议条款，确保协议内容合法合规且明确双方权利和义务。如有需要，可以请律师对协议进行审查和修改。
综上所述，用其他挖掘机顶替被政府扣押的挖机并签订协议这一行为的合法性取决于多个因素。为了确保行为的合法性和避免法律风险，建议在进行此类操作前咨询专业律师的意见并谨慎签订协议。如果你有任何具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。