结论：公司与村民合作建房后转让公司股权，一般不构成非法转让土地使用权罪，但需满足一定条件且不存在其他违法行为。以下从多个角度进行详细分析：
一、非法转让土地使用权罪的构成要件
非法转让土地使用权罪，是指以牟利为目的，违反土地管理法规，非法转让、倒卖土地使用权，情节严重的行为。其构成要件主要包括：
- 主观方面：必须是以牟利为目的。
- 客观方面：实施了违反土地管理法规，非法转让、倒卖土地使用权的行为，且情节严重。
- 客体：侵犯了国家的土地管理制度。
二、股权转让与土地使用权转让的区别
法律性质：
- 股权转让：是公司股东依法将自己的股东权益有偿转让给他人，使他人取得股权的民事法律行为。它涉及的是公司股东之间的权益变动，不直接涉及土地使用权的变动。
- 土地使用权转让：是指土地使用者将土地使用权再转移的行为，包括出售、交换和赠与。它直接涉及土地使用权的变动。
法律后果：
- 股权转让：导致公司股东的变更，但不影响公司的法人资格和土地使用权的归属。
- 土地使用权转让：导致土地使用权的归属发生变更，需要办理相关的土地使用权变更登记手续。
三、合作建房后股权转让的合法性分析
- 合法情形：
- 如果公司与村民合作建房时，依法取得了土地使用权，并按照规定办理了相关手续。
- 在合作建房过程中，公司作为土地使用权的合法持有者，其股权的转让并不直接导致土地使用权的转让。
- 股权转让行为本身符合公司法、证券法等相关法律法规的规定，且没有以非法转让土地使用权为目的。
在这种情况下，公司与村民合作建房后转让公司股权，一般不构成非法转让土地使用权罪。
- 非法情形：
- 如果公司在合作建房过程中，未依法取得土地使用权，或者以非法手段取得土地使用权。
- 股权转让的实质是为了规避法律关于土地使用权转让的限制，实现土地使用权的非法转让。
- 股权转让过程中存在其他违法行为，如欺诈、虚假陈述等。
在这种情况下，即使形式上表现为股权转让，也可能被认定为非法转让土地使用权罪，特别是当股权转让与土地使用权转让存在实质上的关联时。
四、法律建议
- 确保合法取得土地使用权：公司在与村民合作建房前，应确保依法取得土地使用权，并按照规定办理相关手续。
- 规范股权转让行为：股权转让应符合公司法、证券法等相关法律法规的规定，确保转让行为的合法性和有效性。
- 避免实质上的土地使用权转让：在股权转让过程中，应避免将股权转让作为非法转让土地使用权的手段，确保股权转让与土地使用权转让无实质上的关联。
- 咨询专业律师：在进行复杂的股权转让或合作建房项目时，建议咨询专业律师，以确保行为的合法性和合规性。
总结来说，公司与村民合作建房后转让公司股权，一般不构成非法转让土地使用权罪，但需满足一定条件且不存在其他违法行为。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。