针对您提出的“善意取得虚开的增值税专用发票如何处理”这一问题，我将从定义、构成条件、处理办法、账务处理以及法律建议等多个方面为您详细解答。
一、善意取得虚开增值税专用发票的定义与构成条件
善意取得虚开的增值税专用发票，指的是在购货方与销售方之间存在真实交易的情况下，购货方不知且没有理由知道销售方提供的专用发票是以非法手段获得的。要认定为善意取得，需同时满足以下条件：
- 真实交易：购货方与销售方之间必须有实际发生的商品交易或服务提供。
- 票实相符：发票上的信息必须与实际交易情况完全相符，包括销售方名称、印章、货物数量、金额及税额等。
- 主观善意：购货方在交易中基于合理信任，没有参与、协助虚开发票的行为，也没有证据表明其知道或应当知道发票是非法获得的。
二、相关处理办法
对于善意取得虚开的增值税专用发票，法律上有以下处理规定：
进项税额处理：
- 购货方不会被视为偷税或骗取出口退税。
- 已抵扣的进项税款或取得的出口退税需依法追缴。
- 若能重新取得合法、有效的专用发票，或取得销售方所在地税务机关正在依法查处虚开行为的证明，经税务机关审核后，可准予抵扣进项税款或出口退税。
滞纳金问题：
- 因善意取得虚开发票而被追缴已抵扣税款的，不属于未按规定期限缴纳税款的情形，因此不适用加收滞纳金的规定。
税前扣除问题：
- 若能重新取得合法、有效的专用发票并依法申报纳税，或提供其他外部凭证进行税前扣除，经税务机关调整后，可准予税前扣除。
- 若不能重新取得合法、有效的专用发票或其他外部凭证，则相关支出不得在发生年度税前扣除，而需在实际取得合法凭证的年度进行税前扣除。
三、进项税额转出的账务处理
企业在善意取得虚开增值税专用发票后，需按照税法规定将不允许抵扣的进项税额转出，并计入相应成本或费用科目。账务处理需根据发现时间点的不同而有所区别：
当期发现且未进行账务处理：
- 将该发票对应的进项税额计入相关成本费用科目，如“原材料”等，同时贷记“银行存款”等科目。
当期发现但已进行账务处理：
- 冲销原已抵扣的进项税额，将转出的进项税额计入相关成本费用科目，如“库存商品”或“营业外支出”。
以后期间发现：
- 若前期已将相关成本费用结转至损益科目，则需调整以前年度损益（适用于执行企业会计准则的企业）或直接计入当期损益（适用于执行小企业会计准则的企业）。同时，需考虑所得税的调整和利润分配的影响。
四、法律建议
尽管善意取得虚开的增值税专用发票在法律上可能得到一定的宽容处理，但企业仍应高度重视发票管理，确保所取得的发票真实有效。以下是一些建议：
- 加强供应商管理：与信誉良好的供应商合作，确保取得的发票来源合法、真实有效。
- 建立健全发票管理制度：定期对账务进行自查和审计，及时发现并纠正可能存在的问题。
- 加强与税务机关的沟通与合作：及时了解最新的税收政策和法规变化，确保企业的税务处理始终符合法律法规的要求。
综上所述，善意取得虚开的增值税专用发票虽不涉及购货方的主观恶意，但仍需依法处理。企业应严格按照税法规定进行账务处理，并加强后续管理与防范，以确保税务处理的合规性和准确性。