针对您提出的“很多年的行政处罚案卷有问题该怎么处理”这一问题，核心在于明确案卷问题的性质、发现时间以及相关法律规定，进而采取针对性措施。以下分情况为您详细说明：

1. 若发现案卷存在程序违法或实体错误，且仍在法定救济期限内

• 程序违法：如行政机关未依法送达处罚决定书、未告知陈述申辩权等，可能影响处罚合法性。
• 实体错误：如处罚依据错误、事实认定不清、量罚明显不当等。
• 处理方式：
  • 申请行政复议：自知道该行政行为之日起60日内，向上一级行政机关或本级人民政府提出复议申请，要求撤销或变更处罚。
  • 提起行政诉讼：若复议未解决或未申请复议，可在知道行政行为之日起6个月内（部分情况为1年）向法院起诉，请求法院审查处罚合法性。
• 关键点：需尽快行动，避免超过救济期限导致权利丧失。

2. 若已超过法定救济期限，但案卷问题严重（如涉及虚假证据、滥用职权等）

• 处理方式：
  • 申诉或检举：向行政机关的上级部门、监察委员会或检察机关反映，要求启动内部监督程序（如行政监察、刑事立案等）。
  • 申请再审或抗诉：若处罚已进入执行阶段（如罚款已缴纳、行政拘留已执行），可尝试通过审判监督程序（再审）或检察机关抗诉寻求救济，但需符合法定条件（如新证据、法律适用错误等）。
• 关键点：此类途径难度较大，需充分证据支持，建议委托律师协助梳理材料。

3. 若案卷问题仅涉及程序瑕疵（如笔误、格式不规范），且未影响实质权利

• 处理方式：
  • 与行政机关沟通：书面或口头要求行政机关出具更正说明，完善案卷材料。
  • 申请信息公开：通过政府信息公开渠道获取完整案卷，核对问题并留存证据。
• 关键点：此类问题通常不影响处罚效力，但可作为后续协商或监督的依据。

4. 若涉及历史遗留问题（如案卷丢失、责任人离职等）

• 处理方式：
  • 申请档案查询：向档案馆或行政机关申请调阅备份材料，尽可能还原事实。
  • 寻求第三方协助：如委托律师调查取证，或通过公证、鉴定等方式固定证据。
• 关键点：需结合具体案情和证据情况，制定个性化方案。

行动建议：

1. 立即固定证据：复印或拍照保存案卷材料，记录发现问题的时间、地点及具体内容。
2. 咨询专业律师：根据问题性质，律师可协助分析救济途径、准备法律文书或代理诉讼。
3. 保持理性沟通：与行政机关协商时，以书面形式提出异议，避免情绪化表达。

总结：行政处罚案卷问题的处理需结合问题性质、时间节点和法律规定综合判断。若您能提供更具体的信息（如处罚类型、问题表现、发现时间等），我可进一步为您细化方案。