在机动车未投保交强险但已投保商业险的情况下发生交通事故，赔偿责任的承担将遵循一定的原则和流程。以下是对这一问题的详细解答：
一、赔偿原则
交强险责任限额内的自担：
- 交强险是机动车上路行驶的法定强制保险，未购买交强险上路属于违法行为。在事故发生时，原本应由交强险承担的赔偿责任（包括死亡伤残赔偿限额、医疗费用赔偿限额和财产损失赔偿限额），将由机动车一方自行承担。
商业险先行赔偿：
- 若机动车已投保商业险，如第三者责任险和车损险，则先由保险公司按照保险合同的约定进行赔偿。第三者责任险用于赔偿超出交强险限额的部分对方人身伤亡和财产损失，车损险则用于赔偿本车在事故中的损失。
责任人按比例分担：
- 若商业险赔偿仍不足以覆盖全部损失，不足部分将由交通事故的责任人根据各自的过错比例来承担相应的赔偿责任。
二、赔偿流程
事故现场处理：
- 发生事故后，应立即停车，保护现场，并及时报警。若事故造成人员伤亡，应迅速拨打120急救电话救助伤者。
责任认定：
- 交警部门将赶赴现场进行勘查，以确定事故责任。责任划分包括全部责任、主要责任、同等责任、次要责任和无责任。
赔偿协商与理赔：
- 在责任认定后，各方可基于实际情况进行友好协商，确定赔偿金额和方式。
- 若已投保商业险，应及时通知保险公司，并准备好相关的事故证明、车辆损失清单等资料，配合保险公司进行定损和理赔流程。
行政处罚与补救：
- 未投保交强险的车辆，除承担赔偿责任外，还可能面临公安机关交通管理部门扣留车辆，并处以应缴纳保险费二倍罚款的处罚。
- 补办交强险后，应及时退还机动车，并避免未来再次发生类似情况。
三、法律依据
- 《中华人民共和国民法典》第一千二百一十三条：明确规定机动车发生交通事故造成损害的赔偿责任顺序，即先由交强险赔偿，不足部分由商业险赔偿，仍不足或未投保商业险的，由侵权人赔偿。
- 《中华人民共和国道路交通安全法》及《机动车交通事故责任强制保险条例》：规定未投保交强险的车辆将面临扣留车辆、罚款等处罚。
四、建议
- 及时投保交强险：鉴于交强险的法定强制性和重要性，建议车主及时购买并续保交强险，以保障自身和他人的合法权益。
- 了解商业险条款：在投保商业险时，应仔细阅读保险合同条款，了解保险责任、免责条款等内容，以便在事故发生时能够正确主张权益。
- 遵守交通规则：遵守交通规则是预防交通事故的根本措施。车主应时刻保持警惕，确保行车安全。
综上所述，机动车在未投保交强险仅投保商业险的情况下发生交通事故，赔偿责任的处理需遵循明确的法律规定和赔偿流程。车主应充分认识到交强险的重要性，并及时履行投保义务，以避免不必要的法律风险和经济损失。