企业电动自行车车速超过25公里/小时的处罚需结合具体违法情形及适用法律综合判断，主要涉及行政处罚、民事责任及刑事风险三个层面，具体分析如下：

一、行政处罚：依据车辆性质及使用场景区分

1. 若车辆被认定为“机动车”
   根据《道路交通安全法》第99条，电动自行车若因改装、加装等行为导致车速超过25km/h且符合机动车标准（如重量超过55kg、无脚踏骑行功能等），企业可能面临：

   • 罚款：200元至2000元；
     
   • 扣车：车辆被暂扣直至整改合格；
     
   • 责任人处罚：直接负责的主管人员或其他责任人员可能被处以罚款或行政拘留（如存在指使、强令违规行为）。
     

2. 若车辆仍属“非机动车”但超速
   根据《道路交通安全法》第89条，非机动车超速行驶（即使未改装）可能面临：

   • 警告或5元至50元罚款；
     
   • 扣留非机动车（如拒不接受处罚或存在其他违法行为）。
     

关键点：行政处罚需以交通管理部门对车辆性质的认定为准，企业可要求出具检测报告确认是否属于机动车。

二、民事责任：超速与事故因果关系是核心

若企业电动自行车因超速导致交通事故，企业可能承担：

1. 过错责任：根据《民法典》第1165条，若超速行为与事故存在因果关系，企业需按过错比例赔偿受害方医疗费、误工费等损失；
   
2. 雇主责任：若员工在执行工作任务时超速，企业需承担替代赔偿责任（《民法典》第1191条），后续可向有过错员工追偿；
   
3. 产品责任：若超速因车辆设计缺陷导致（如限速装置失效），企业可能面临消费者索赔或生产商追责。
   

建议：企业应保留车辆出厂合格证明、改装记录等证据，以区分责任主体。

三、刑事风险：仅在重大事故中涉及

若超速行为导致重大交通事故（如死亡1人或重伤3人以上），且企业或直接责任人负事故主要或全部责任，可能构成《刑法》第133条交通肇事罪，面临：

• 3年以下有期徒刑或拘役；
  
• 逃逸或其他恶劣情节：3年至7年有期徒刑；
  
• 逃逸致人死亡：7年以上有期徒刑。
  

提示：刑事责任需以交通管理部门出具的《事故责任认定书》为依据，企业应重视事故后的证据固定与法律应对。

四、合规建议：从源头规避风险

1. 车辆管理：确保电动自行车符合《电动自行车安全技术规范》（GB 17761-2018），车速不超过25km/h，保留出厂合格证明；
   
2. 员工培训：定期开展交通安全培训，明确超速行驶的处罚规则；
   
3. 保险覆盖：为车辆投保第三者责任险，转移民事赔偿风险；
   
4. 制度完善：制定内部车辆使用规范，禁止改装、超速等行为，并明确违规后果。
   

如需进一步分析具体案件中的责任划分或处罚依据，可提供更多细节（如车辆是否改装、事故经过等），我将为您详细解答。