结论前置：擅自扣押土地流转租金的行为是否违法，需根据具体情况判断，但通常情况下，这种行为可能构成违法，侵犯了土地流转合同中约定的租金支付方的合法权益。
详细分析：
合同关系角度：
- 土地流转通常基于双方签订的合同进行，合同中会明确约定租金的支付方式、时间、金额等条款。
- 如果一方擅自扣押租金，即违反了合同中的约定，构成了违约行为。根据《民法典》中关于合同违约的规定，违约方需承担违约责任，包括但不限于支付违约金、赔偿损失等。
物权保护角度：
- 土地流转租金是土地流转合同中约定的，属于土地流转方（出租方）的合法财产权益。
- 擅自扣押租金，实际上是对出租方财产权益的侵犯，可能构成侵权行为。根据《民法典》中关于物权保护的规定，侵权方需承担停止侵害、赔偿损失等民事责任。
特殊情况考量：
- 虽然擅自扣押租金通常构成违法，但也存在一些特殊情况。例如，如果扣押租金的一方有合理的理由认为出租方存在违约行为，且该违约行为足以导致合同解除或租金减免，那么扣押租金可能作为一种自救手段。然而，这种情况下，扣押方仍需通过法律途径（如诉讼、仲裁）来确认出租方的违约行为，并据此主张自己的权益，而不能擅自扣押租金。
- 另外，如果双方在合同中明确约定了扣押租金的条件或程序，且扣押方按照约定进行了操作，那么这种扣押行为可能是合法的。但这种情况较为少见，且需要严格的合同条款支持。
法律建议：
- 对于出租方而言，如果发现对方擅自扣押租金，应及时与对方沟通，了解扣押原因，并尝试通过协商解决问题。如果协商无果，可以考虑通过法律途径（如起诉、申请仲裁）来维护自己的合法权益。
- 对于扣押方而言，如果认为出租方存在违约行为，应首先通过法律途径来确认违约事实，并据此主张自己的权益。擅自扣押租金可能构成违法，并导致自己承担不必要的法律责任。
可能法律后果：
- 如果擅自扣押租金的行为被认定为违法或违约，扣押方可能需要承担支付违约金、赔偿损失等民事责任。
- 在严重情况下，如果扣押行为构成犯罪（如侵占罪等），扣押方还可能面临刑事责任的追究。
总结：擅自扣押土地流转租金的行为通常构成违法或违约，侵犯了出租方的合法权益。在处理此类纠纷时，双方应首先通过协商解决问题；如果协商无果，可以考虑通过法律途径来维护自己的权益。如果你有具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。