醉驾血液酒精含量100mg/100ml且扣12分的情况下，并不能直接免于起诉。以下是对此问题的详细分析：

一、醉驾的刑事责任

根据《中华人民共和国刑法》第一百三十三条之一的规定，在道路上驾驶机动车，有醉酒驾驶机动车情形的，处拘役，并处罚金。醉驾的认定标准是血液酒精含量达到80mg/100ml以上。因此，血液酒精含量100mg/100ml已经明确构成了醉驾，应当承担刑事责任。

二、扣12分的含义

扣12分是交通管理部门对醉驾行为的一种行政处罚措施，它反映了醉驾行为的严重性和对交通安全的危害程度。扣12分本身并不直接影响刑事责任的承担，但它是醉驾行为后果的一部分，可能作为量刑时的考虑因素之一。

三、免于起诉的条件

免于起诉通常指的是在符合一定条件下，检察机关决定不对犯罪嫌疑人提起公诉。在醉驾案件中，免于起诉的条件通常非常严格，一般要求犯罪情节轻微、危害不大，且犯罪嫌疑人具有悔罪表现等。血液酒精含量100mg/100ml虽然不算特别高，但已经超过了醉驾的认定标准，且醉驾行为本身对公共安全具有较大危害，因此通常不符合免于起诉的条件。

四、可能的影响因素

1. 犯罪情节：如果醉驾行为没有造成严重后果，如未发生交通事故、未造成人员伤亡等，可能在量刑时作为从轻或减轻处罚的考虑因素。
2. 悔罪表现：犯罪嫌疑人如果能够积极认罪、悔罪，并主动接受处罚，也可能在量刑时得到一定的从宽处理。
3. 其他情节：如犯罪嫌疑人是否具有自首、立功等情节，也可能影响量刑结果。

五、法律建议

1. 积极配合调查：如果因醉驾被查处，应积极配合交通管理部门和检察机关的调查工作，如实陈述事实，提供相关证据。
2. 寻求法律帮助：在面临刑事指控时，建议及时咨询专业律师，了解自己的权利和义务，以及可能的法律后果和辩护策略。
3. 接受处罚并改正：无论最终是否被起诉或量刑如何，都应认真反思自己的行为，接受处罚并改正错误，避免再次发生类似行为。

总结来说，醉驾血液酒精含量100mg/100ml且扣12分的情况下，并不能直接免于起诉。是否起诉以及量刑结果将取决于多种因素，包括犯罪情节、悔罪表现等。因此，建议面临此类情况的人及时咨询专业律师，以获取更具体的法律建议和帮助。