结论：绿灯闪烁时超过左转线停住，一般情况下不算闯红灯，但具体是否构成违章还需结合实际情况判断。以下从不同角度为你详细分析：

一、闯红灯的认定标准

根据交通法规，闯红灯的认定通常基于电子眼拍摄的三张照片：

1. 车辆在红灯时已越过停止线：这是第一张照片，显示车辆在红灯亮起时已经进入了路口或越过了停止线。
2. 车辆继续前行至路口中间：这是第二张照片，显示车辆在红灯期间继续行驶，进入了路口的中央区域。
3. 车辆完全驶入对面路口：这是第三张照片，显示车辆已经完全通过了路口，进入了对面的道路。

只有当这三张照片都齐全时，才会被认定为闯红灯。

二、绿灯闪烁时的处理

绿灯闪烁是交通信号灯的一种过渡状态，提示驾驶员信号灯即将变为红灯。在这种情况下：

1. 如果车辆在绿灯闪烁时已经越过停止线：并且随后在红灯亮起时停在了路口中间或对面路口前，这通常不会被认定为闯红灯。因为车辆是在绿灯期间进入路口的，且没有继续前行至完全通过路口。
2. 如果车辆在绿灯闪烁时未越过停止线：但继续前行并在红灯亮起时越过了停止线，这则可能构成闯红灯。因为车辆是在红灯期间进入路口的。

三、特殊情况考虑

1. 交通拥堵或特殊情况：在交通拥堵或遇到特殊情况（如前方车辆故障、行人突然闯入等）时，驾驶员可能需要临时停车或避让。在这种情况下，即使车辆在红灯期间停在了路口中间，也可能因特殊情况而免于处罚。但驾驶员应尽可能保留相关证据（如行车记录仪视频、现场照片等），以便在需要时向交警部门说明情况。
2. 交警现场指挥：如果现场有交警指挥交通，且交警的指挥与交通信号灯不一致时，驾驶员应遵循交警的指挥。在这种情况下，即使车辆在红灯期间行驶，也不会被认定为闯红灯。

四、法律建议

1. 遵守交通规则：无论交通信号灯如何变化，驾驶员都应严格遵守交通规则，确保行车安全。
2. 保留证据：如果因特殊情况或交警指挥而需要在红灯期间行驶或停车，驾驶员应尽可能保留相关证据，以便在需要时向交警部门说明情况。
3. 及时咨询：如果对交通违章有疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供专业的法律意见。

总结：绿灯闪烁时超过左转线停住，一般情况下不算闯红灯。但具体是否构成违章还需结合实际情况判断，包括车辆是否在红灯期间继续前行、是否遇到特殊情况或交警指挥等。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。