刑事案件超过审查起诉时限，通常不能再进行起诉，但存在特定情形可以不受追诉时效限制。以下是对这一问题的详细分析：

一、通常不能起诉的情况

根据《中华人民共和国刑法》第八十七条的规定，犯罪经过下列期限将不再追诉：

1. 法定最高刑为不满五年有期徒刑的，追诉时效期限为五年；
2. 法定最高刑为五年以上不满十年有期徒刑的，追诉时效期限为十年；
3. 法定最高刑为十年以上有期徒刑的，追诉时效期限为十五年；
4. 法定最高刑为无期徒刑、死刑的，追诉时效期限为二十年。若二十年后认为必须追诉，需报请最高人民检察院核准。

在追诉时效期限内，如果检察机关或被害人没有提出起诉，对犯罪嫌疑人的刑事追诉权即依法消灭。此后，即使发现犯罪证据，也不能再行起诉和审判。这是为了保障人权、维护社会稳定及法律的公正性。例如，若一起盗窃案件的法定最高刑为三年有期徒刑，那么其追诉时效期限为五年。如果五年内检察机关或被害人没有提出起诉，那么五年后就不能再对犯罪嫌疑人进行追诉。

二、特殊情况可以起诉

尽管一般情况下过了追诉时效不能起诉，但也存在一些例外情况：

1. 最高人民检察院核准追诉：

   • 对于法定最高刑为无期徒刑、死刑的案件，如果经过二十年以后认为必须追诉，须报请最高人民检察院核准。经最高检核准后，依然可以对犯罪嫌疑人进行起诉和审判。这通常适用于性质极其恶劣、社会影响极大的犯罪案件。例如，一起涉及多人死亡的故意杀人案件，即使已经过了二十年追诉期限，但如果认为必须追诉，仍可报请最高人民检察院核准后进行起诉。

2. 不受追诉期限限制的情形：

   • 在人民检察院、公安机关、国家安全机关立案侦查或者在人民法院受理案件以后，逃避侦查或者审判的，不受追诉期限的限制。例如，犯罪嫌疑人得知被立案侦查后逃匿，无论过了多久，只要被抓获都可以追诉。
   • 被害人在追诉期限内提出控告，人民法院、人民检察院、公安机关应当立案而不予立案的，也不受追诉期限的限制。这意味着，如果被害人及时报案但司法机关未予立案，那么无论何时，被害人都有权要求司法机关追究犯罪嫌疑人的刑事责任。

三、实际应用中的建议

对于具体的刑事案件而言，是否能起诉需根据案件的实际情况和相关法律规定来判断。如果遇到相关疑问或需求，可以直接向我咨询，我会根据案件的具体情况，结合相关法律规定，为你提供准确的法律建议。在处理涉及追诉时效的问题时，应综合考虑案件的性质、社会影响以及法律的具体规定，确保既维护法律的公正性，又充分保障人权和社会稳定。

总结来说，刑事案件超过审查起诉时限，在一般情况下是不能再起诉的。但在特定情形下，如最高人民检察院核准追诉或存在不受追诉期限限制的情形，仍然可以对犯罪嫌疑人进行起诉和审判。因此，在处理具体案件时，应仔细分析案件情况，结合相关法律规定，做出准确的判断。