是否罚款需分情况讨论，具体取决于宠物是否符合相关规定以及是否造成实际影响。以下从不同角度进行分析：

1. 食品安全与卫生角度
   根据《中华人民共和国食品安全法》及地方性餐饮服务卫生规范，餐饮场所（包括快餐店）需保持环境清洁，防止食品污染。若宠物在店内自由活动，可能因毛发、皮屑、排泄物等污染食品或餐具，违反卫生要求。此时，市场监管部门可依据《食品安全法》第一百二十六条责令改正，给予警告；拒不改正的，可能面临五千元以上五万元以下罚款。

2. 公共场所管理角度
   若快餐店位于商场、写字楼等公共场所，需遵守《民法典》中关于“不动产权利人不得违反规定排放污染物、噪声”等条款。若宠物吠叫、攻击顾客或引发其他纠纷，店主可能因未尽到安全保障义务（如《民法典》第一千一百九十八条）被要求赔偿，甚至面临行政处罚（如《治安管理处罚法》中关于“扰乱公共秩序”的规定）。

3. 动物防疫角度
   根据《中华人民共和国动物防疫法》，携带犬只进入公共场所需佩戴犬牌并采取系犬绳等措施。若宠物未接种疫苗、未办理检疫证明，或店主未履行防疫责任，农业农村部门可依据该法第九十二条责令改正，处一千元以下罚款；逾期不改正的，可能面临一千元以上一万元以下罚款。

建议：

• 若需在店内饲养宠物，应将其限制在非食品加工区，并定期清洁消毒；
  
• 确保宠物接种疫苗、办理检疫证明，避免引发防疫风险；
  
• 提前了解当地《养犬管理条例》等具体规定，必要时设置“宠物友好区”并明确提示顾客。
  

如有进一步疑问，可直接向我咨询具体场景下的法律风险。