结论：司机因运费问题将货物拉走是否违法，需根据具体情况和合同约定来判断。以下从不同角度进行分析：
合同约定情况：
- 存在明确约定：如果司机与发货方在运输合同中明确约定了运费支付方式、时间等条款，且发货方反悔未按照约定支付运费，司机有权依据合同要求发货方支付运费。但司机直接将货物拉走作为“抵债”行为，可能构成违约或侵权，具体取决于合同条款和法律规定。根据《中华人民共和国民法典》第五百七十七条，当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定的，应当承担继续履行、采取补救措施或者赔偿损失等违约责任。司机若未经发货方同意擅自拉走货物，可能违反了合同中关于货物交付和运费支付的约定，需承担相应责任。
- 无明确约定：若合同中未明确约定运费支付方式或时间，司机与发货方应协商解决。协商不成时，司机可通过法律途径（如诉讼、仲裁）要求发货方支付运费，但擅自拉走货物仍可能构成侵权或违约，需根据具体情况判断。
货物所有权与留置权：
- 货物所有权：在货物交付给收货人之前，货物所有权通常仍属于发货方。司机未经发货方同意擅自拉走货物，可能侵犯了发货方的财产权。
- 留置权行使：根据《中华人民共和国民法典》第四百四十七条，债务人不履行到期债务，债权人可以留置已经合法占有的债务人的动产，并有权就该动产优先受偿。但留置权的行使需满足一定条件，如债权已到期、留置物与债权属于同一法律关系等。若司机因运费问题留置货物，需确保符合留置权的行使条件，否则可能构成违法。
法律后果与建议：
- 法律后果：司机擅自拉走货物可能面临民事赔偿、行政处罚甚至刑事责任（如构成盗窃罪、侵占罪等）。具体后果取决于货物价值、行为性质、主观故意等因素。
- 建议：
- 协商解决：司机应首先与发货方协商解决运费问题，尽量通过和平方式达成一致。
- 法律途径：若协商不成，司机可通过法律途径要求发货方支付运费，如提起诉讼或申请仲裁。
- 谨慎行使权利：在行使留置权或其他权利时，司机应确保符合法律规定，避免因不当行为而承担法律责任。
举例说明：假设司机与发货方签订了一份运输合同，约定运费为1000元，货物到达后支付。但货物到达后，发货方反悔拒绝支付运费。此时，司机若未经发货方同意擅自将货物拉走作为“抵债”，可能构成违约或侵权。若司机希望通过法律途径解决，可向法院提起诉讼要求发货方支付运费及可能产生的违约金或损失赔偿。
进一步思考：在实际操作中，司机应保留好与发货方的沟通记录、运输合同等证据材料，以便在发生纠纷时维护自己的合法权益。同时，司机也应了解并遵守相关法律法规，避免因不当行为而陷入法律困境。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。