结论：专利代理合同可以由总公司签订，而付款付给分公司，但这一安排需要满足一定的条件并遵循相关法律规定，以确保合同的合法性和有效性。以下从不同角度进行详细分析：

一、合同签订主体的合法性

1. 总公司签订合同的合法性：

   • 总公司作为独立的法人实体，具有签订合同的法律资格。因此，总公司可以签订专利代理合同，并承担由此产生的法律责任。

2. 分公司接收付款的合法性：

   • 分公司虽然不具有独立的法人资格，但通常可以作为总公司的分支机构进行经济活动，包括接收款项。然而，这取决于分公司的具体授权情况和当地法律法规的规定。
   • 在实践中，为了确保分公司接收付款的合法性，总公司可以在合同中明确授权分公司接收款项，或者通过其他书面形式（如授权书）对分公司进行授权。

二、合同内容与付款安排的合理性

1. 合同内容的明确性：

   • 专利代理合同应明确约定双方的权利和义务，包括代理事项、代理期限、代理费用及支付方式等。
   • 如果合同中约定付款应支付给分公司，那么应明确分公司的名称、账户信息等，以便付款方准确支付。

2. 付款安排的合规性：

   • 付款安排应符合相关法律法规的规定，如税务法规、外汇管理法规等。
   • 如果涉及跨境支付或特殊税务处理，应提前咨询相关税务或外汇管理部门，以确保付款安排的合规性。

三、潜在的法律风险与防范措施

1. 合同效力风险：

   • 如果合同签订或付款安排存在瑕疵，可能导致合同无效或部分无效。因此，在签订合同前，应仔细审查合同条款，确保合同内容合法、有效。
   • 必要时，可以咨询专业律师或法律机构，对合同进行法律审查或提供法律意见。

2. 付款纠纷风险：

   • 如果付款方未按合同约定支付款项给分公司，可能引发付款纠纷。为防范此类风险，可以在合同中明确约定违约责任和争议解决方式。
   • 同时，总公司应加强对分公司的管理和监督，确保分公司按照合同约定接收和使用款项。

四、实际操作建议

1. 在合同中明确授权：

   • 总公司应在专利代理合同中明确授权分公司接收款项，并注明分公司的名称、账户信息等。

2. 保留相关证据：

   • 总公司应保留与分公司之间的授权书、合同、付款凭证等相关证据，以备不时之需。

3. 及时沟通与协调：

   • 在合同履行过程中，总公司应与分公司保持密切沟通，及时协调解决可能出现的问题。

总结与建议：专利代理合同可以由总公司签订而付款付给分公司，但这一安排需要满足一定的条件并遵循相关法律规定。为确保合同的合法性和有效性，建议在签订合同前仔细审查合同条款、明确授权和付款安排，并在合同履行过程中加强沟通与协调。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。