结论：该约定是否合法需分情况讨论，主要取决于是否违反法律强制性规定、是否显失公平以及是否损害国家税收利益。以下从不同角度展开分析：

1. 从合同自由原则角度
   根据《民法典》第四百七十条，合同内容由当事人约定，只要不违反法律、行政法规的强制性规定或公序良俗，原则上有效。因此，若双方在平等协商基础上达成“迟开发票扣减30%货款”的条款，且该条款未被认定为“格式条款”或存在欺诈、胁迫等情形，从合同自由角度，该约定可能被认定为有效。但需注意，若扣减比例明显过高（如远超实际损失），可能因显失公平被撤销或调整。

2. 从税收管理法规角度
   根据《发票管理办法》第十九条，销售方开具发票是法定义务，买方有权要求及时开具。若约定以“迟开发票”为由扣减货款，可能涉及以下风险：

   • 变相逃避纳税义务：若扣减货款实质是减少应税收入，可能被税务机关认定为偷税行为（《税收征收管理法》第六十三条）；
     
   • 违反发票管理规定：迟开发票本身已违法（《发票管理办法》第三十五条），若再以此为由扣减货款，可能加剧法律责任。
     因此，若该约定导致国家税收损失，可能被认定为无效。

3. 从违约责任角度
   若迟开发票构成违约，买方有权要求赔偿实际损失（《民法典》第五百八十四条）。但约定“扣减30%货款”需满足：

   • 损失与扣减比例相当（如买方因迟开发票产生的滞纳金、利息等实际损失）；
     
   • 双方未在合同中明确约定更高比例的违约金（若约定过高，法院可能调整）。
     若扣减比例缺乏合理依据，可能被认定为“惩罚性违约金”，进而被部分或全部驳回。

实务建议：

1. 对销售方：避免将发票开具与货款支付直接挂钩，可单独约定迟开发票的违约责任（如按日支付违约金）；
   
2. 对购买方：若合同已有此类条款，可主张调整扣减比例，或要求销售方先开具发票再支付货款；
   
3. 双方均需注意：发票开具是法定义务，不得以约定方式免除或变相免除。

如有具体合同条款或纠纷场景，可进一步向我咨询，我会结合细节提供更精准的分析。